統計的手法を用いた逆平行および平行β sheet中でのstrandペア形成予測法の開発

レコードナンバー

740743

論文タイプ

学術雑誌論文

ALIS書誌ID

ZZ00013978

NACSIS書誌ID

AN00239079

本文言語

ja

著者名

鈴木 博実 ; 竹本 周二

誌名

明治大学農学部研究報告 = Bulletin of the Faculty of Agriculture, Meiji University

別誌名

Bulletin of School of Agriculture, Meiji University ; 明大農研報

発行元

明治大学農学部

巻号ページ

56巻・4号,p.209-227(2007-03)

ISSN

04656083

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抄録

アミノ酸配列に基づくタンパク質の立体構造予測法の開発は、実用面からも知的探究心を満たすという面からも大いに注目されている研究課題の1つである。既に2次構造領域の予測精度は75％に達しており、この2次構造のパッキング予測方法の開発が進められている。このパッキング過程における重要なステップの1つとしてβsrandの会合によるβshee形成がある。本研究では、既知のタンパク質立体構造データに基づいて、水素結合形成の有無を考慮したβsrand間での残基ペアの出現頻度より統計的スコアを算出した。このスコアを用いてsrandペアに対して正確な位置から前後8残基の範囲で移動させながらsrand配置関係予測を行ったところ、その検出精度は逆平行ペアに対しては38％、平行ペアに対しては35％であった。統計的に算出したスコアに2次構造予測から得られたスコアを加えた場合には、それぞれ40％および38％に上昇した。Srandトリプレットに対して、左右のsrandの位置を固定して中央のsrandを正確な位置から前後8残基の範囲で移動させた場合の検出精度は50％、2次構造予測から得られたスコアを加えた場合には52％となった。正確な位置から前後1および2残基のずれとして予測された割合はいずれの場合も5％以上存在し、βsrand領域の全残基に対する2次構造予測としてみた精度はsrandペアでは68％、srandトリプレットでは80％に達し、用いた2次構造予測法による精度58％を大幅に上回った。このように今回開発した方法は、βsrandの会合予測だけではなく、βsrand領域予測に対しても有効であり、タンパク質の立体構造予測への貢献が十分期待できる。

引用文献数

26

登録日

2011年12月19日

収録データベース

JASI ; AGROLib