皮性二条オオムギの多型判別用Temperature-switch PCRマーカーの作製事例と最適プライマー濃度比およびプライマー設計基準の検討

皮性二条オオムギの多型判別用Temperature-switch PCRマーカーの作製事例と最適プライマー濃度比およびプライマー設計基準の検討

レコードナンバー932144論文タイプ学術雑誌論文
ALIS書誌IDZZ20532068NACSIS書誌IDAA12712955
著者名原口 雄飛
轟 貴智
甲斐 浩臣
書誌名福岡県農林業総合試験場研究報告
別誌名Bull. Fukuoka Agric. For. Res. Cent
福岡農林総試研報
発行元福岡県農林業総合試験場
巻号,ページ6号, p.21-28(2020-03)ISSN21894876
全文表示PDFファイル (1748KB) 
抄録Temperature-switch PCR(TSP)マーカーは,標的の一塩基多型(SNP)を含む領域を増幅するlocus-specific(ls)プライマーセットと標的SNPに対応する3'末端配列を有するallele-specific(as)プライマーにより,1回のPCRで迅速かつ簡便にSNPを判別できる共優性マーカーである。しかし,TSP用プライマーを作製した際に多型マーカーが得られる効率や,その効率向上に寄与するプライマー設計条件および反応液組成についての報告例は限られている。そこで,二条オオムギを供試材料とし,77箇所のSNPを標的とした77式のプライマーセットを作製してTSPに供した。その結果,既報の反応液組成,反応温度で共優性マーカー化できたのは32.5%(25/77)のSNPであった。さらに,反応液中のasプライマーの終濃度を調整することで,共優性マーカー成功率は41.6%(32/77)まで向上した。また,プライマーのTm値や塩基数などの特性値とSNP判別効率との関係について検討し,lsプライマーのTm値とasプライマーのTm値との差は6~8℃が適正であると推察された。以上の知見は,新規にTSPマーカーを作製する際,共優性マーカー開発効率の向上に活用できる。
索引語SNP;PCR;向上;作製;Tm値;プライマー;switch;検討;標的;プライマーセット
引用文献数19
登録日2020年09月30日
収録データベースJASI, AGROLib

論文アクセスランキング

Copyright 2017 農林水産省 農林水産技術会議事務局筑波産学連携支援センター

Tsukuba Business-Academia Cooperation Support Center, Agriculture, Forestry and Fisheries Research Council Secretariat