ブタおよびウシゲノムにおける反復配列のIn Silico分析

ブタおよびウシゲノムにおける反復配列のIn Silico分析

レコードナンバー730140論文タイプ学術雑誌論文
ALIS書誌IDZZ00015097NACSIS書誌IDAN0009670X
著者名和田 康彦
重森 卓人
書誌名佐賀大学農学部彙報
別誌名Bulletin of the Faculty of Agriculture, Saga University
発行元佐賀大学農学部
巻号,ページ91号, p.37-43(2006-03)ISSN05812801
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抄録ヒトゲノムやマウスゲノムの解析によって、哺乳動物ゲノム配列の3割以上が反復配列によって占められていることがあきらかとなってきた。しかしながら、これらの膨大な数の反復配列の進化の歴史と生命体の中での機能についてはほとんど明らかになっていない。そこで、Genbank塩基配列データベース中のブタおよびウシのゲノム配列から反復配列を網羅的に検索し、反復配列クラスごとの存在割合とコンセンサス配列からの塩基置換率の分布を調べた。その結果、ブタを除いて哺乳動物ゲノム中の反復配列ではLINEが最も多く存在しており、LINEは全ゲノム配列中の14-21%を占めていた。次にSINEが8%-14%、LRが2%-10%であったが、動物種によってそれぞれの比率は大きく異なっていた。コンセンサス配列からの塩基置換率のピークはSINEで10%-20%、LINEで30%-40%、LRで20%-30%と、他の反復配列よりもSINEはより塩基置換率の小さな配列が多かった。ブタとウシでLINEの種類を比較したところBovB/Ar2はウシゲノムにのみ存在していたが、L3/CR1、LINE1およびLINE2はブタゲノムにもウシゲノムにもともに存在していた。これらの研究結果は、SINRやLINEなどの反復配列を用いてゲノムの組み換えを推測することを可能にするものであり、哺乳動物のゲノム進化の研究に大いに役立つものと考えられた。
索引語配列;ゲノム;ブタ;ウシ;哺乳動物;塩基;進化;研究;分析;ヒト
引用文献数10
登録日2011年03月05日
収録データベースJASI, AGROLib

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