カスタム3K SNPチップを用いた黒毛和種父方半きょうだい家系のQTL解析

カスタム3K SNPチップを用いた黒毛和種父方半きょうだい家系のQTL解析

レコードナンバー830669論文タイプ学術雑誌論文
ALIS書誌IDZZ20031916NACSIS書誌IDAA12204160
著者名中村 亮一
長谷川 清寿
坂本 洋一
岡崎 尚之
遠藤 治
書誌名島根県立畜産技術センター研究報告 = Bulletin of the Shimane Prefectural Livestock Technology Center
別誌名島根県畜産技術センター研究報告
Bull.Shimane Live.Tech. C.
島根畜技セ研報
発行元島根県立畜産技術センター
巻号,ページ42号, p.1-6(2011-03)ISSN18821030
全文表示PDFファイル (421KB) 
抄録我々はこれまでに、マイクロサテライトマーカーによる枝肉形質に関与するQTLマッピングを行ってきたが、ジェノタイピングに多くの時間と労力を要してきた。そのため、QTL解析の効率を改善することが課題であった。そこで今回、短時間に大量のジェノタイピングが可能なSNPチップを用いて、黒毛和種父方半きょうだい家系の枝肉形質に関するQTL解析を試みた。対象家系は、県有種雄牛「糸安茂」号およびその肥育産子252頭(去勢201頭、雌51頭)とした。SNPタイピングは、黒毛和種の家系解析用に作成されたカスタム3K SNPチップにより、常染色体上の2,800マーカーについて行った。それらのSNPデータのうち、種雄牛でヘテロ型かつCall rateが0.95以上のマーカーを選抜してQTL解析に用いた。対象形質は枝肉重量、ロース芯面積、ばら厚、皮下脂肪厚、歩留基準値および脂肪交雑基準値(BMS)とした。各形質の表現型値は、アニマルBLUP法により算出された性、出荷年次、食肉処理場、肥育農場および出荷月齢に関する最良線形不偏推定量(BLUE)を用いて補正した。そして、各個体のSNPデータおよびBLUEにより補正した表現型値に基づいて、線形回帰によるインターバルマッピングの手法を用いてQTLの検出を行った。SNPマーカー2,800個のうち、Call rateが0.95以上のマーカーは2,773個、このうち種雄牛がヘテロ型のマーカーは1,327個であり、その平均マーカー間隔は1.9Mb(最大26.4Mb、最小75b)であった。これらのInformation Contentは平均0.91(最大0.99、最小0.55)であった。QTL解析の結果、枝肉重量について6か所、ロース芯面積について3か所、ばら厚について3か所、皮下脂肪厚について3か所、BMSについて3か所、総計18か所に染色体ワイズ5%有意水準でQTLが検出された。18か所のQTLのFDRは0.07から0.27であった。18か所のQTLのうち、BTA8の枝肉重量に関するQTLとBTA18のばら厚に関するQTL領域はゲノムワイズ5%水準で検出された。それぞれのハプロタイプ置換効果は24.09kgと0.38cmであり、BLUE補正値の全分散に対する寄与率は6.7%と5.6%であった。
索引語QTL;QTL解析;マーカー;黒毛和種父方半きょうだい家系;3か所;SNPチップ;枝肉重量;ばら厚;検出;枝肉形質
引用文献数22
登録日2013年10月08日
収録データベースJASI, AGROLib

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