群集間類似度評価のためのPCR-DGGE法による線虫の定量的検出

群集間類似度評価のためのPCR-DGGE法による線虫の定量的検出

レコードナンバー850703論文タイプ学術雑誌論文
ALIS書誌IDZZ20037135NACSIS書誌IDAA12415279
著者名岡田 浩明
大場 広輔
書誌名Nematological research
別誌名日本線虫学会誌
発行元日本線虫学会
巻号,ページ42巻・ 2号, p.27-30(2012-12)ISSN
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抄録線虫群集分析のためのPCR-DGGE法(DNA合成酵素連鎖反応-変性剤濃度勾配ゲル電気泳動法)の性能を評価する方法の1つは、得られたDGGEバンドパターンに基づくサンプル間の類似度が、同一サンプル群を形態同定で分析して得られた結果に基づくそれと相関するか否かを調べることである。しかし、野外のサンプル群を用いる場合は、電気泳動時に複数のバンドが重なったり、形態同定の精度が高くないなどの問題がある。そこで、種が明らかな培養線虫を混合して作製した人工群集を用いて検討した。PCR反応ではプラトーに達するまでは個体数などに応じた定量的な検出が可能であると期待されるが、実際に個々の線虫種のDGGEバンドの相対輝度は、群集中の個体数やバイオマスと有意に相関した(ケンダールのτ=0.61-0.92)。また、相対輝度に基づいて算出した群集間の類似度も、やはり個体数やバイオマスに基づくそれと有意な高い相関を示した(ピアソンのr=0.98-0.99)。従って、構成種数が多くない群集では特に、PCR-DGGE法が群集間類似度を検出する性能は高いと結論した。
索引語PCR;個体数;DGGE法;相関;類似度;性能;形態同定;検出;相対輝度;バイオマス
引用文献数15
登録日2013年08月06日
収録データベースJASI, AGROLib

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