リアルタイム定量PCR法によるダイズ葉焼病菌のダイス種子からの絶対定量
リアルタイム定量PCR法によるダイズ葉焼病菌のダイス種子からの絶対定量
| レコードナンバー | 852330 | 論文タイプ | 学術雑誌論文 |
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| ALIS書誌ID | ZZ00014149 | NACSIS書誌ID | AN0019269X |
| 著者名 | 渡辺 貴弘 澤田 宏之 | ||
| 書誌名 | 日本植物病理學會報 = Annals of the Phytopathological Society of Japan | ||
| 別誌名 | Japanese journal of phytopathology 日本植物病理学会報 | ||
| 発行元 | 日本植物病理學會 | ||
| 巻号,ページ | 79巻・ 2号, p.83-91(2013-05) | ISSN | 00319473 |
| 全文表示 | PDFファイル (1001KB) | ||
| 抄録 | TaqManプローブ法に基づくリアルタイム定量PCR(qPCR)を利用して，ダイズ種子中のダイズ葉焼病菌(Xanthomonas axonopodis pv.glycines)を絶対定量する実験系を確立した。プライマー・プローブはrpoD遺伝子を標的として設計した。その特異性について検討したところ，供試した61株の本菌からは増幅が認められたが，Xanthomonas属の近縁細菌や，ダイズ由来の対照菌株・常在細菌からは全く増幅しなかった。絶対定量を行うために必要な検量線は，本菌の懸濁液の10倍希釈系列を用い，ダイズ種子1gに対して添加回収試験(澤田ら，植物防疫62：611-617，2008)を行うことによって作成した。その結果，6×10 8～6×10 2cfu/種子1gの範囲で強い直線性と適正なPCR効率が得られることから，少なくともこの範囲において精度の高い定量実験が可能である。また，本法を用いて定性的な検査を行う場合の検出下限は，約6×10 1cfu/種子1g近くまでさかのぼる可能性が認められた。さらに，1kgの「検体」の保菌程度を把握するためには，以下の1)～4)に示した手順に従って，検体の中からqPCR実験に供する「分析用試料」を採取すれば良いことが確認できた。すなわち，1)1kgのダイズ種子(＝検体)を粉砕して十分に混和する，2)「1kgの粉砕種子から1g(＝分析用試料)を採取する」という操作を10回繰り返す，3)採取した1gの粉砕種子ごとにDNAを抽出した後，qPCRを3反復行って定量値を求める，4)得られた30個の定量値を平均し，その値をもとに「検体」の保菌程度を判定する。 | ||
| 索引語 | 定量;検体;採取;ダイズ葉焼病菌;本菌;増幅;範囲;保菌程度;分析用試料;定量値 | ||
| 引用文献数 | 19 | 登録日 | 2014年02月06日 |
| 収録データベース | JASI, AGROLib | ||