リアルタイム定量PCR法によるダイズ葉焼病菌のダイス種子からの絶対定量

リアルタイム定量PCR法によるダイズ葉焼病菌のダイス種子からの絶対定量

レコードナンバー852330論文タイプ学術雑誌論文
ALIS書誌IDZZ00014149NACSIS書誌IDAN0019269X
著者名渡辺 貴弘
澤田 宏之
書誌名日本植物病理學會報 = Annals of the Phytopathological Society of Japan
別誌名Japanese journal of phytopathology
日本植物病理学会報
発行元日本植物病理學會
巻号,ページ79巻・ 2号, p.83-91(2013-05)ISSN00319473
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抄録TaqManプローブ法に基づくリアルタイム定量PCR(qPCR)を利用して,ダイズ種子中のダイズ葉焼病菌(Xanthomonas axonopodis pv.glycines)を絶対定量する実験系を確立した。プライマー・プローブはrpoD遺伝子を標的として設計した。その特異性について検討したところ,供試した61株の本菌からは増幅が認められたが,Xanthomonas属の近縁細菌や,ダイズ由来の対照菌株・常在細菌からは全く増幅しなかった。絶対定量を行うために必要な検量線は,本菌の懸濁液の10倍希釈系列を用い,ダイズ種子1gに対して添加回収試験(澤田ら,植物防疫62:611-617,2008)を行うことによって作成した。その結果,6×10 8~6×10 2cfu/種子1gの範囲で強い直線性と適正なPCR効率が得られることから,少なくともこの範囲において精度の高い定量実験が可能である。また,本法を用いて定性的な検査を行う場合の検出下限は,約6×10 1cfu/種子1g近くまでさかのぼる可能性が認められた。さらに,1kgの「検体」の保菌程度を把握するためには,以下の1)~4)に示した手順に従って,検体の中からqPCR実験に供する「分析用試料」を採取すれば良いことが確認できた。すなわち,1)1kgのダイズ種子(=検体)を粉砕して十分に混和する,2)「1kgの粉砕種子から1g(=分析用試料)を採取する」という操作を10回繰り返す,3)採取した1gの粉砕種子ごとにDNAを抽出した後,qPCRを3反復行って定量値を求める,4)得られた30個の定量値を平均し,その値をもとに「検体」の保菌程度を判定する。
索引語定量;検体;採取;ダイズ葉焼病菌;本菌;増幅;範囲;保菌程度;分析用試料;定量値
引用文献数19
登録日2014年02月06日
収録データベースJASI, AGROLib

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