ブタ腸管由来細菌16SリボソームDNA配列のコンピュータ・シミュレーションによる末端制限酵素断片長多型(T-RFLP)解析およびブタとヒトの解析結果の比較

ブタ腸管由来細菌16SリボソームDNA配列のコンピュータ・シミュレーションによる末端制限酵素断片長多型(T-RFLP)解析およびブタとヒトの解析結果の比較

レコードナンバー890808論文タイプ学術雑誌論文
ALIS書誌IDZZ20039637NACSIS書誌IDAA12518373
著者名長島 浩二
書誌名北海道立総合研究機構食品加工研究センター研究報告 = Bulletin of the Food Processing Research Center Hokkaido Research Organization
発行元北海道立総合研究機構食品加工研究センター
巻号,ページ9号, p.35-44(2011-03)ISSN21858667
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抄録T-RFLP(nagashima法)がヒトと同様にブタの腸内フローラ解析に対しても適用可能かどうかを検証するために,GenBankに登録されているブタ腸管由来細菌16S rDNA配列(391配列)を使用してin silico T-RFLP解析とホモロジー検索を行った。その結果,ブタでは34の仮想OTUが検出され,その内11のOTUはヒトでは検出されていないものであった。一方,ヒトでの実際のT-RFLPで検出された3つのOTUとin silico T-RFLPで検出された1つのOTUはブタでは検出されなかった。これら以外のブタOTUの特徴は,おおよそヒトのOTUと共通しているものと考えられたが,その内の3つのOTUでは,分類群とOTUの対応関係に関して,対応するヒトのOTUとは幾分異なっているように考えられた。
索引語T-RFLP;ヒト;OTU;ブタ;検出;in silico;解析;GenBank;T-RFLP解析;ブタOTU
引用文献数6
登録日2015年05月14日
収録データベースJASI, AGROLib

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