全ジャガイモウイルスを迅速に同時検出できるマクロアレイの作製

全ジャガイモウイルスを迅速に同時検出できるマクロアレイの作製

タイトル全ジャガイモウイルスを迅速に同時検出できるマクロアレイの作製
要約日本で発生が確認されている12種のジャガイモウイルス全てを検出できるマクロアレイを作製した。本アレイを利用することによって高感度かつ迅速に全ジャガイモウイルスを同時検出できる。
キーワードジャガイモ、ウイルス、検出、マクロアレイ、遺伝子診断
担当機関(独)農業・生物系特定産業技術研究機構 北海道農業研究センター 生産環境部 ウイルス病研究室
連絡先011-857-9278 / maokat@affrc.go.jp / maokat@affrc.go.jp
区分(部会名)北海道農業
分類技術、普及
成果の活用面・留意点
  1. 日本で発生が確認されている12種のジャガイモウイルス(表1)について、各ゲノムRNAの特定領域をクローニングし、PCRで300-800bp程度のcDNA(キャプチャープローブ)を増幅して、2.5cm×6.5cmのナイロンメンブレンに1ウイルスあたり4個所スポットしたマクロアレイを作製した(図2)。
  2. 検体としてウイルス感染植物50mgからRNAを抽出し、各ウイルス特異的プライマーセットを用いたRT-PCRでビオチン標識し、マクロアレイ解析を行うと、マクロアレイ上の発光反応あるいは発色反応として各ウイルスを特異的に検出できる(図1、図2)。
  3. 本法では、検体からのウイルスRNA抽出(Trizol,Invitrogen)から、RT-PCR、cDNAのビオチン標識(GeneNavigator,TOYOBO)、化学発光反応(PhototopeStarDetectionKitforNucleticAcids,NEB)、化学発色反応(NBT/BCIP,Roche)まで、市販のキット・試薬類を使用できる。
  4. これまで実用的な検出法がなかったウイルスを含め、わが国で発生が確認されている全ジャガイモウイルスを同一条件で短時間(28時間)に同時に検出できる。

  1. 本検出法はジャガイモ種いも生産におけるウイルス病診断や検疫等に利用できる。
  2. 本マクロアレイは(株)ラボ(http://www.labo.co.jp/index.html)より入手可能である。
  3. 塊茎伝搬が確認されていないToRSVの検出に際しては、感染葉を検定用試料として用いる。
具体的データ
図表
予算区分交付金(2004年度研究開発ターゲット関連重点研究課題)
研究期間2004~2004
研究担当者早野由里子、畑谷達児(北大院農)、福本文良、眞岡哲夫
発表論文1)眞岡ら(2005)平成17年度日本植物病理学会大会
2)日本経済新聞朝刊2005年1月7日35面(北海道経済版)
発行年度2004
収録データベース研究成果情報

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