学名コードデータベースの作成

学名コードデータベースの作成

タイトル学名コードデータベースの作成
要約農林水産研究で扱う生物種の学名を総合的に管理するための、学名コードデータベースのスキーマを開発した。データベース中で扱う上位の分類階級を2階級に限定することで、対象とする生物種の範囲を広げ、また管理を容易にした。
担当機関農業生物資源研究所 遺伝資源第一部 情報システム研究チーム
連絡先0298-38-7462
区分(部会名)農業総合
専門情報処理
研究対象研究情報
分類研究
背景・ねらい近年、農林水産ジーンバンク事業を初めさまざまな農林水産研究の中で、データ管理のために生物の学名のデータベース化が必要となっている。しかしこれらは独自にコードを作成しているため、他の研究所等において検索、利用することは難しく、さらに植物、動物、微生物といった分野の違いがあると、統一的な管理はさらに困難となっている。本研究では、農林水産研究全体で扱う多くの生物種を、分野を越えて統一的に管理するための学名コードデータベースを設計・作成する。
成果の内容・特徴農林水産研究技術情報運営委員会情報資料部会標準化作業部会が設置した学名コード委員会による方針に従って、学名データを総合的に管理するためのデータベーススキーマを設計した。(図1)
  1. 扱うデータは分野間の差異によらない部分にとどめることとし、属名と種小名の二命名法による種名とその和名・英名を基本とする。
  2. 標準和名や一般名、英名等は、分野により必要とされるデータが異なり、データが存在しない場合や反対に複数存在する場合がある。そこで、それぞれ表を独立させることによって、これらの場合にも対応できるようにした。
  3. 上位の分類に関しては、特に必要性のある2階級までにとどめ、科、目など、どの分類階級を扱っているかは各分類ごとに記述することで、多くの分野を同時に扱うことを可能とし、表の数を減らして管理を容易にした。たとえば昆虫の場合はfamily(科)およびorder(目)、脊椎動物の場合はorder(目)およびclass(綱)を扱うことになる。
  4. 上位の分類階級とは別に、栽培植物、非栽培植物、家畜・家禽といったグループを自由に設定することにより、分類学とは異なる視点でのデータ分類を可能とした。
成果の活用面・留意点MAFFINでの共有データベースとして、農林水産研究計算センターのDBサーバ上にデータベース gakumei を作成した。
具体的データ
図表
予算区分経常
研究期間1996~1997
発行年度1996
収録データベース研究成果情報

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