Fluorescent Amplified-Fragment Length Polymorphism (FAFLP)による牛由来 Salmonella Typhimuriumの遺伝子型別

Fluorescent Amplified-Fragment Length Polymorphism (FAFLP)による牛由来 Salmonella Typhimuriumの遺伝子型別

タイトルFluorescent Amplified-Fragment Length Polymorphism (FAFLP)による牛由来 Salmonella Typhimuriumの遺伝子型別
タイトル(英)3.Molecular Typing and Epidemiological Study of Salmonella Typhimurium Isolates from Cattle using Fluorescent Amplified-Fragment Length Polymorphism
要約  北海道内で分離された牛由来Salmonella Typhimuriumについて,FAFLPを用いた遺伝子型別を実施した。供試した120株は4型(A,B,C,D)に型別され,1994年以降の分離株は全てA型に属した。また,多剤耐性DT104を含むA型菌のFAFLPマーカーである142bp断片のシークエンスはP22ファージの塩基配列の一部と相同性を示した。
要約(英) One hundred and twenty Salmonella Typhimurium strains, including 103 isolates from cattle, gathered between 1977 and 1999 in Hokkaido prefecture were analyzed using fluorescent amplified-fragment length polymorphism (FAFLP) to examine the genotypic basis of the epidemic. Among these strains, there were 17 FAFLP profiles that formed 4 distinct clusters (A, B, C, and D). All 12 definitive phage type 104 strains examined belonged to cluster A. Isolates that belonged to cluster A have become increasingly common since 1992 with the increase of bovine Salmonellosis caused by S.Typhimurium. These results indicate that a clonal exchange of S.Typhimurium has taken place since 1992, and show a remarkable degree of homogenecity at the molecular level among contemporary isolates from cattle in this region. Moreover we have sequenced a 142-bp fragment that was identified as a polymorfic marker of strains that belong to cluster A, and also shows homology with a segment of P22 phage. FAFLP is apparently suited for epidemiological typing of S. Typhimurium, and can provide a source of molecular markers useful for studies of genetic variation in natural populations of S. Typhimurium. (Clinical Microbiology Section, Hokkaido Research Station TEL +81-11-851-5226)
References:
 Tamada et al.: Molecular typing and epidemiological study of Salmonella enterica Serotype Typhimurium isolates from cattle by fluorescent-amplified length polymorphism fingerprinting and pulsed-field gel electrophoresis. J. Clinical. Microbiol. 39: 1057-1066 (2001)
担当機関(現 動物衛生研究所 北海道支所
家畜衛生試験場 北海道支場 臨床微生物研究室
連絡先011(851)5226
区分(部会名)動物衛生
区分(部会名)家畜衛生
専門診断予防
研究対象乳用牛・肉用牛
分類普及
背景・ねらい
 近年,搾乳牛での成牛型サルモネラ症の発生が増加し,酪農経営に大きな被害を与えている。また,我が国においても家畜由来の多剤耐性Salmonella Typhimurium DT104の分離が報告されている。しかし,分離菌の遺伝子型等に関する疫学的解析は,必ずしも十分に実施されているとはいえない。そこで,北海道内で分離された牛由来S. Typhimuriumについて,FAFLPによる遺伝子型別を試みた。
成果の内容・特徴

  1. 1977から1999年において,北海道内で分離された牛由来のS. Typhimurium103株及びDT104を含む保存株17株についてFAFLPを用いた遺伝子型別を実施した。FAFLPはAFLPTM Microbial Fingerprinting キット(ABI),
    シークエンサー(ABI377)およびサーマルサイクラー(ABI)を用いて行い,セレクティブプライマーとして
    EcoRI-A及びMseI-Aを用いた。
  2. 供試菌120株において,12のpolymorphic断片が検出され,供試株は17のプロファイルに分けられた(表1,図1)。
    これらのプロファイルはクラスター解析により4型(A, B, C, D)に分類された(図2)。供試したDT104(10株)は全てA型に属した。
  3. FAFLP A型は1991年以前では1株(1/33)のみであったが,その後,分離株におけるA型の割合は次第に増加し,1994年以降に分離された株は全て(51/51)A型となり,サルモネラ症の増加に伴ってその割合が増えていた(表2)。
  4. シークエンス解析の結果,A型のマーカーである142bp断片(表1,図1)のシークエンスはP22ファージの塩基配列の
    一部と相同性(86%)を示した。

成果の活用面・留意点
  1. S.TyphimuriumのFAFLPによる型別方法はデーターベース化が容易であるので,野外における本菌の分子疫学的解析方法として有用である。
  2. 近年,本菌による成牛型の発生が増加した原因を解明する上で極めて重要な資料となった。
  3. A型菌のマーカーである142bp断片は多剤耐性DT104菌の分子疫学的マーカーとして応用可能であることが示唆された。

具体的データ
表1
図1
図2
表2
予算区分経常
研究期間2000~2002
発表論文Molecular typing and epidemiological study of Salmonella enterica serotype Typhimurium isolates from cattle by fluorescent amplified-fragment length polymorphism fingerprinting and pulsted-field gel electrophoresis. J. Clin. Microbiol., 39:1057-1066(2001)
発行年度2000
収録データベース研究成果情報

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