単純反復配列(SSR)マーカーを基にしたカーネーション連鎖地図とその利用

単純反復配列(SSR)マーカーを基にしたカーネーション連鎖地図とその利用

タイトル単純反復配列(SSR)マーカーを基にしたカーネーション連鎖地図とその利用
要約構築したカーネーション連鎖地図は16連鎖群で構成され、全長843.6cMであり、178個のSSRマーカーを含んでいる。SSRマーカーCES1161ならびにCES2643は系統85-11に由来する萎凋細菌病抵抗性を持つ個体を選抜できる。
キーワードカーネーション、SSRマーカー、連鎖地図、萎凋細菌病、QTL
担当機関(独)農業・食品産業技術総合研究機構 花き研究所 花き研究領域
連絡先029-838-6801
分類研究成果情報
背景・ねらい連鎖地図は選抜マーカーを開発する上で重要である。これまでに作成した連鎖地図は優性マーカーであるランダム増幅多型DNA(RAPD)マーカーが主体であり、異なる集団では利用できないなど汎用性に乏しかった。そこで、ゲノムSSR濃縮ライブラリーや発現遺伝子配列タグ(EST)を用いてSSRマーカーを大量に開発し、SSRマーカー主体の連鎖地図を構築する。さらに、作成した連鎖地図を用いて量的形質遺伝子座(QTL)解析を行うことで、花持ち性の優れる花き研育成系統に見出された新規萎凋細菌病抵抗性系統85-11の有する抵抗性の遺伝子座を明らかにし、抵抗性に連鎖したマーカーを開発する。
成果の内容・特徴
  1. カーネーション萎凋細菌病抵抗性系統85-11と罹病性品種「プリティファボーレ」とのF2集団90系統を基に構築した連鎖地図は、カーネーションの基本染色体数(n=15)より1本多い16の連鎖群から構成され、全長843.6cMである(図1)。
  2. この連鎖地図には、カーネーションゲノム由来SSRマーカー68個とEST由来SSRマーカー110個の合計178個が座乗する(図1)。
  3. QTL解析の結果、系統85-11の有する抵抗性は単一の主働抵抗性遺伝子に支配されており、第4連鎖群に位置づけられる(図1)。
  4. F2集団について主働抵抗性遺伝子近傍に存在するSSRマーカーCES1161ならびにCES2643の遺伝子型と発病率を比較した結果、系統85-11と同じ対立遺伝子をホモ型で有する系統の発病率が小さく、強い抵抗性を示す(図2)。
  5. SSRマーカーCES1161ならびにCES2643は、系統85-11に由来する萎凋細菌病抵抗性をホモ型で有する個体を効率的に選抜できる(図2)。
成果の活用面・留意点
  1. 連鎖地図の作成に利用したSSRマーカーは汎用性が高く、異なる交配組み合わせを用いた遺伝解析や系統分類にも利用可能である。
  2. 系統85-11由来の抵抗性は、交配組み合わせにより十分な抵抗性を発揮しないことがある。
具体的データ
図1
図2
予算区分交付金
研究期間2005~2011
研究担当者八木雅史、小野崎隆、木村鉄也(種苗セ)、山本俊哉、磯部祥子(かずさDNA研)、田畑哲之(かずさDNA研)
発表論文1)Yagi M. et al. (2012) Mol. Breed. 30: 495-509. DOI 10.1007/s11032-011-9639-x
発行年度2011
オリジナルURLhttp://www.naro.affrc.go.jp/project/results/laboratory/flower/2011/141h0_10_10.html
収録データベース研究成果情報

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