農研機構およびナショナルバイオリソースプロジェクトのイネおよびコムギの遺伝資源情報横断検索システム

農研機構およびナショナルバイオリソースプロジェクトのイネおよびコムギの遺伝資源情報横断検索システム

タイトル農研機構およびナショナルバイオリソースプロジェクトのイネおよびコムギの遺伝資源情報横断検索システム
要約NAROとNBRPが有するイネ・コムギ遺伝資源のパスポートデータを統合し横断的に検索できるシステムである。本システムの活用により、我が国の民間事業者等の育種関係者が遺伝資源情報に効率的にアクセスできる。
キーワード植物遺伝資源、パスポートデータ、MCPD、データ連携、横断検索システム
担当機関(国研)農業・食品産業技術総合研究機構 遺伝資源センター 保存技術・情報チーム
連絡先029-838-7016
分類研究成果情報
背景・ねらい我が国の民間事業者等の育種関係者が植物遺伝資源情報に効率的にアクセスできる環境の整備が求められている。NAROジーンバンクと文部科学省傘下のナショナルバイオリソースプロジェクト(略称NBRP)においても、それぞれのデータベースで検索することは可能だが、検索方法や表示方法などは異なっている。ユーザーが効率的に見落としなく必要な遺伝資源を検索するためには、関連するすべてのデータベースを横断的に検索できることが望ましい。
そこで、本研究では、国立研究開発法人、公設試験場、大学等が保有する植物遺伝資源情報を横断的に検索できるシステムを開発することを最終的な目的として、農研機構で最もユーザーが多く保存点数が多いイネおよびコムギに関して、NAROジーンバンクとNBRPとのデータを横断的に検索できるシステムを開発する。
成果の内容・特徴
  1. 本システムは、国際連合食糧農業機関(FAO)らが開発し国際的に広く用いられている植物遺伝資源のデータ記述方法であるMulti-Crop Passport Descriptors(MCPD)を用いている。
  2. NBRPとNAROジーンバンクのイネ・コムギ遺伝資源のパスポートデータをそれぞれMCPD形式にマッピングする手法の開発により、統合データベースを構築する(図1)。データのマッピングは、各機関のデータベースに対して日1回行うようにプログラミングしており、統合データベースに直ちに反映される。
  3. 統合データベースを効率的に検索するためのシステムである(図2)。検索項目として、植物群、登録番号、属名、種小名、品種名、原産地、および種類区分(野生、在来、育成など)を設けている。
  4. 検索結果の一覧画面には、NBRPとNAROの該当遺伝資源が表示される。一覧画面の登録番号には、各機関が遺伝資源に付与するID番号が対応し、各登録番号をクリックすることで、当該遺伝資源の詳細情報が表示される。
  5. 横断検索用のAPIを作成したことにより、当APIをNBRPが利用することでNBRPのWebサイトにおいても統合データベースを使用した横断検索機能が実装可能となる(図1)。
  6. 本システムは、NAROジーンバンクのWebサイトで利用できる。
成果の活用面・留意点
  1. 本システムによって、各ユーザーがNAROジーンバンクとNBRPの保存するイネおよびコムギ遺伝資源をワンストップで効率的に検索することが可能である。
  2. 検索結果から、NAROジーンバンクもしくはNBRPのWebサイトに進み、それぞれの保有する遺伝資源の配布手続きを行うことができる。
  3. 現在は、原産地情報など植物遺伝資源導入の際に付加されているパスポートデータのみが検索対象である。特性による検索に関しては、今後、付加を検討していく。
  4. 本システムでは、参加登録機関や対象作物を追加・拡張していくことが可能である。今後は、都道府県との連携も進めていく。
予算区分交付金
予算区分委託プロ(海外植物遺伝資源)
研究期間2016~2018
研究担当者竹谷勝、山崎福容
発表論文農研機構(2018)「植物遺伝資源の横断検索システム」
https://www.gene.affrc.go.jp/databases-plant_cross_search.php(2019年1月7日)
発行年度2018
オリジナルURLhttp://www.naro.affrc.go.jp/project/results/4th_laboratory/ngrc/2018/ngrc18_s01.html
収録データベース研究成果情報

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