(2)イネ及びイネ科作物のゲノムリソースの開発と利用

(2)イネ及びイネ科作物のゲノムリソースの開発と利用

課題番号2006008601
研究機関名農業生物資源研究所
研究期間新規2006-2010
年度2006
研究問題A アグリバイオリソースの高度化と活用研究
大課題該当なし
中課題(2)イネ及びイネ科作物のゲノムリソースの開発と利用
小課題(2)イネ及びイネ科作物のゲノムリソースの開発と利用
大項目第2 国民に対して提供するサービスその他の業務の質の向上に関する目標を達成するためとるべき措置
中項目1.試験及び研究並びに調査
摘要(1)イネ完全長cDNAのうち新規な3,000クローンの配列解読を行った。(2)新規なオオムギ完全長cDNAライブラリーを構築し、このうち300,000クローンから36,000の代表クローンを選抜した。(3)栽培・野生イネコアコレクションの転移因子に基づいたゲノム系統分類を行った、また栽培化で起こった脱粒性遺伝子qSH1を単離して機能推定を行い、この変異が中国のジャポニカに起こったことを明らかにした。(4)植物タンパクをドメインの類似度を指標に分類したデータベースを作成した。(5)イネゲノムのセントロメア・テロメア難解読領域の構成の一部を明らかにした。(6)オオムギの二条・六条性を決める遺伝子vrs1を明らかにした。(7)コムギFT遺伝子のオーソログがコムギ植物内で機能することを形質転換によって証明した。(8)Tos17挿入部位の12,391件のシークエンスデータを取得し、データベースに入力した。在庫の少なくなった818系統の種子増殖を行った。Tos17データベースについては、挿入部位のグラフィカル表示機能の装備及び44Kアレイ解析アプリケーションを開発した。(9)約4,500系統(総計:約12,000系統)のFOX(過剰発現)イネ系統を作出し、生育状況を観察・調査した。FAIS由来のイネ完全長cDNAを用いた系統作出を開始した。スクリーニング用のT2後代種子を、4名の研究者に約7,000系統配布した。(10)新規なイネ完全長cDNA、2,235クローンのグリセロールストックを作成し、配布用DNA調製を行った。分譲業務においては、イネ完全長cDNAクローン:302件、2,037クローン、Tos17変異系統:115件、533系統(プロジェクト共同研究者用大量配布 15,796系統)、遺伝解析材料:23件、集団(BIL, CSSL等)21セット、個別20系統、親品種43系統を提供した。(11)研究支援については、マイクロアレイ解析支援に加え、Tilling解析による変異体スクリーニング支援を整備した。また、マイクロアレイ解析に影響を及ぼすTotalRNAの品質とサンプル採取方法を検討した。本年度、66組のアレイ解析支援を実施した。
研究分担農業生物資源研究所 植物ゲノム研究U
農業生物資源研究所 ゲノムリソースセンター
予算区分技会交付金研究 技会交付金プロ 委託・バイテク先端技術[グリーンテクノ] 文科省[科研費]
業績(1)Multiple origin of six-rowed barley suggested by a mutant homeodomain leucine zipper-I class gene OECD, NIAS: Domestication, super-domestication and gigantism: Human manipulation of plant genomes for increasing crop yield
(2)醸造用オオムギはるな二条(Hordeum Vulgare cv. Haruna Nijo)の新規な完全長cDNAライブラリーの構築
(3)イネ遺伝子破壊系統の挿入隣接塩基配列の大量解析
(4)オオムギのPpd-H2遺伝子の有無による花成関連遺伝子群の発現パターンの比較
(5)イネFOXラインを用いた光合成関連変異株の単離
(6)The complete rice genome sequence as a gold standard for cereal genomics
(7)オオムギ六条性遺伝子vrs1の単離
(8)Tissue-specific expression of rice CYP72A21 induced by auxins and herbicides
(9)Screening transgenic Arabidopsis with rice full-length cDNA for tolerance to salinity or high-temperature stress
(10)コムギ形質転換体を用いたWFT遺伝子の機能解析
(11)イネ塩感受性変異体の単離と解析
(12)The origins of six-rowed barley
(13)Comparative analysis of the genes encoding transcription factor from full-length cDNA data of rice
(14)イネの生殖細胞発生が異常になるmeal突然変異体の細胞学的解析
(15)Looking into diversity -- establlishing the basis for sequencing wild rice rice species Plant & Animal Genome XV (Abstract) ():84
(16)Gibberellin regulates mitochondrial pyruvate dehydrogenase activity in rice
(17)Comparative genomic studies for understanding of evolutionary mechanisms of R gene clusters in rice
(18)オオムギ節間長に関するQTLのマッピング
(19)Soybean genome research in Japan
(20)Isolation of rice genes that cause visible phenotypes to Arabidopsis
(21)イネ完全長 cDNA を導入したシロイヌナズナから単離されたアントシアニン蓄積異常個体の解析
(22)Microarray analysis of gene expression at initial stages of rice seed development
(23) Two novel nuclear genes, OsSIG5 and OsSIG6, encoding potential plastid sigma factors of RNA polymerase in rice: Tissue-specific and light-responsive gene expression
(24)Comparative analysis of the genes encoding transcription factors from full-length cDNA data of rice
(25)高等植物オルガネラ(ミトコンドリア、葉緑体)に局在する中性・アルカリ性インベルターゼ遺伝子
(26)The SALAD Database RAP3 meeting (Closed meeting)
(27)Large-scale sequence analysis of insertion sites of transposon insertion lines in the rice genome for functional genomics
(28)Sequential regulation of gibberellin, brassinosteroid, and jasmonic acid biosynthesis occurs in rice coleoptiles to control the transcript levels of anti-microbial Thionin Genes
(29)Investigation of the origin and transmission of linear mitochondrial plasmid based on phylogenetic analysis in Japanese rapeseed varieties
(30)Phylogenetic analysis of Oryza AA genomes based on insertion polymorphysms of pSINE
(31)Molecular Characterization of True and Ectopic Gene Targeting Events at the Acetolactate Synthase Gene in Arabidopsis
(32)Integrating genetic and transcript maps for rice breeding
(33)Construction of genomic libraries and establishment of sequencing method for analysis of the diversity of rice functional genes among the genus Oryza
(34)イネの栽培化過程で脱粒性の喪失の原因となったSNPの同定
(35)Molecular genetics of rice domestication
(36)An SNP-caused loss of seed shattering during rice domestication
(37)イネ概日時計突然変異体の同定と解析
(38)Function and characterization of starch synthase I using mutants in rice
(39)How has rice lost the seed shattering habitat during domestication?
(40)イネ属における感光性遺伝子Hd1領域の塩基配列の多様性について
(41)イネの葯で高発現するワックス合成関連遺伝子OsCER1Bの機能解析
(42)Rice informatics resources for functional genomics
(43)イスラエルの野生オオムギに見つかった乾燥感受性突然変異体eibi1
(44)農業生物資源研究所の保有する遺伝資源とゲノムリソース
(45)Tos17挿入イネ変異系統を利用したRNAサイレンシング関与遺伝子の解析: QDE-3 ホモログ
(46)イネ第1染色体のインド型品種「Kasalath」と日本型品種「日本晴」の比較ゲノム解析
(47)Analysis of relationship between upstream element of genes and expression data profile from microarray analysis: An attempt to find cis-elements by combining method of motif searching and data mining
(48)イネトランスポゾンの DNA メチル化と遺伝子発現制御
(49)種内系統関係からみたナタネミトコンドリアプラスミドの遺伝性と起源
(50)Development of a data mining tool to find cis-elements concerning in gene expression detectable by microarray analysis
(51)An SNP caused loss of seed shattering during rice domestication
(52)Isolation of high-light resistant mutants using rice FOX lines
(53)Sequence comparison of distal and proximal ribosomal DNA arrays in rice (Oryza sativa L.) chromosome 9S and analysis of their flanking regions
(54)Large-scale mapping of inserted loci with retrotransposon Tos17 on the rice genome
(55)SCREENING OF USEFUL RICE GENES CONCERNED WITH ULTRAVIOLET-B TOLERANCE MECHANISMS BY THE RICE FOX HUNTING SYSTEM
(56)Isolation of a novel lateral-rootless mutant in rice (Oryza sativa L.) with reduced sensitivity to auxin
(57)QTL mapping of heading date and plant height in Barley cross Azumamugi Kanto Nakate Gold Iranian
(58)Toward understanding the genes related to QTLs for Fusarium mycotoxin response and Fusarium head blight resistance
(59)イネFOXラインを用いた紫外線耐性変異体の探索
(60)Six-rowed barley originated from a mutation in a homeodomain-leucine zipper I-class homeobox gene
(61)イネFOXラインからの UV-B 耐性変異体の単離
(62)Correspondence between barley QTLs affecting heading date and plant height in recombinant inbred lines of the cross “Azumamugi” x “Kanto Nakate Gold”
(63)赤かび毒素処理により誘導されたコムギEST情報に基づく低毒素蓄積性及び赤かび病抵抗性QTLと関連するDNAマーカーの開発
(64)Gene expression analysis and data mining for the gene network analysis derived from drought stress treatments in rice
(65)Gene expression analysis and network construction using a massive microarray data set derived from drought stress treatments in rice
(66)Fundamental insights into the Musa genome based on EST and BAC
(67)Analysis of genes involved in RNA silencing in rice OsQDE3
(68)塩ストレス耐性を制御する新規イネ遺伝子
(69)コムギ出穂性関連遺伝子WFTおよびWAP1の日周期発現変動パターン
(70)Quantitative trait loci controlling agronomic traits in recombinant inbred lines from a cross of oriental- and occidental-type barley cultivars
(71)Recessive bacterial leaf blight resistance in rice: Complexity, challenges and strategy
(72)Molecular Mapping of Non-Brittle Rachis Genes btr1 and btr2 using STS Markers in Barley
(73)A large-scale collection of phenotypic data describing an insertional mutant population to facilitate functional analysis of rice genes
(74)Overexpression of wheat mitochondrial uncoupling protein in rice plants confers tolerances to oxidative stresses promoted by exogenous hydrogen peroxide and low temperature
(75)Genes for alkaline/neutral invertase in rice: alkaline/neutral invertases are located in plant mitochondria and also in plastids
(76)Identification and Mapping of Expressed Genes, Simple Sequence Repeats and Transposable Elements in Centromeric Regions of Rice Chromosomes
(77)レトロポゾン及びレトロトランスポゾンマーカーを用いたイネ属(Oryza)ゲノム間における近縁関係の解析
(78)OsBLE3, a brassinolide-enhanced gene, is involved in the growth of rice
(79)イネ、シロイヌナズナのタンパク質アノテーション配列を用いた植物ペプチドホルモン遺伝子の探索
(80)Construction and end-sequencing of malting barley (Hordeum Vulgare cv. Haruna Nijo) full-length cDNA libraries
(81)日長反応性が異なるオオムギ準同質遺伝子系統を用いたイネ日長反応性オーソローグの発現解析
(82)FOXハンティングシステムを用いた光合成に関与するイネ遺伝子の解析
(83)2倍体コムギを用いた種子アブシジン酸情報伝達系相同遺伝子のマッピングと種子休眠解析QTL解析
(84)醸造用オオムギ「はるな二条」(Hordeum vulgare cv. Haruna Nijo)発現遺伝子の網羅的解析を目指した新規完全長cDNAライブラリーの構築
(85)イネ遺伝子破壊系統の大規模表現型解析とデータベース化
(86)トランスポゾンの DNA メチル化と遺伝子発現制御
(87)Genome divergence within the genus Oryza as analyzed with retroposon, retrotransposon and EST markers
(88)核遺伝子によるナタネCMS遺伝子のorf125のコピー数の制御
(89)病害抵抗性反応を制御する新規遺伝子とその利用
(90)病害抵抗性反応を制御する新規遺伝子とその利用
(91)p-SINEマーカーを用いた栽培及び野生種イネコレクションにおける詳細な系統解析
(92)Molecular evolution of genomes in the genus Oryza
(93)Argonoteファミリーに属するイネMEAL遺伝子は生殖細胞特異的に細胞分裂および染色体凝縮を制御する
(94)オオムギ春化要求性遺伝子Sgh2の近傍に見出された新規日長反応性遺伝子
(95)コムギへの遺伝子導入 −為せばなる!−
(96)Isolation of Rice FOX Lines showing Tolerance to high-temperature stress
(97)イネ属における出穂期関連遺伝子Hd6の塩基配列多様性解析
(98)オオムギの六条性遺伝子と栽培化、ゲノム進化 国立遺伝学研究所研究集会「高等植物の生殖形質におけるゲノム障壁制御遺伝子の分子遺伝学的解析」
(99)高温ストレスに耐性を示すイネFOXラインの単離と解析
(100)NAC Transcription factor of rice as a negative regulator of JA signaling pathway
(101)イネ栽培品種間における病害抵抗性遺伝子クラスター領域の構造比較
(102)イネ雑種弱勢原因遺伝子Hwc2の高密度連鎖解析および品種分化と周辺領域のDNA多型との関係
(103)Chemically induced expression of rice OSB2 under the control of the OsPR1.1 promoter confers increased anthocyanin accumulation in transgenic rice
(104)In silico insight into two rice chromosomal regions associated with submergence tolerance and resistance to bacterial leaf blight and gall midge
(105)Sequencing and characterization of telomere and subtelomere regions on rice chromosomes 1S, 2S, 2L, 6L, 7S, 7L and 8S
(106)Increased frequency of homologous recombination and T-DNA integration in Arabidopsis CAF-1 mutants
(107)Herbicide resistance of transgenic rice plants expressing human CYP1A1
(108)Chromosome-specific nucleotide substitutions of telomere repeats on rice chromosomes
(109)flo2変異の形質が導入された低アレルゲン植物およびその作出方法
(110)Transcriptome analysis of drought stress and other responses in rice using 60 mer-oligoarray system based on the full-length cDNA
(111)Epigenetic regulation of the rice retrotransposon Tos17
(112)Outline and future plans of KOME & RED databases
(113)High-resolution linkage mapping for the non-brittle rachis locus btr1 in cultivated × wild barley (Hordeum vulgare)
(114)Broad range of herbicide tolerance of glutinous upland rice variety ‘Yumenohatamochi’ carrying human cytochrome P450 genes
(115)Phytoremediation of the herbicides atrazine and metolachlor by transgenic rice plants expressing human CYP1A1, CYP2B6 and CYP2C19
(116)塩ストレス耐性を制御する新規イネ遺伝子
(117)コムギFT遺伝子(WFT: Wheat FLOWERING LOCUS T)は日長反応性経路と春化経路を統合する花成促進インテグレーターである
(118)植物の再分化能に関与する遺伝子およびその利用
(119)イネセントロメア塩基配列の網羅的解析
(120)Sequence diversity of telomere repeats on rice chromosomes
パーマリンクhttps://agriknowledge.affrc.go.jp/RN/3030092961
収録データベース研究課題データベース

研究課題アクセスランキング

Copyright 2017 農林水産省 農林水産技術会議事務局筑波産学連携支援センター

Tsukuba Business-Academia Cooperation Support Center, Agriculture, Forestry and Fisheries Research Council Secretariat