（３）カイコ等昆虫のゲノムリソースの開発と利用

課題番号	2006008602
研究機関名	農業生物資源研究所
研究期間	新規2006-2010
年度	2006
研究問題	Ａアグリバイオリソースの高度化と活用研究
大課題	該当なし
中課題	（３）カイコ等昆虫のゲノムリソースの開発と利用
小課題	（３）カイコ等昆虫のゲノムリソースの開発と利用
大項目	第２国民に対して提供するサービスその他の業務の質の向上に関する目標を達成するためとるべき措置
中項目	１．試験及び研究並びに調査
摘要	(1)日中WGS合作により平均スキャフォルドサイズが3Mbの高精度カイコゲノムシーケンスが得られ、染色体の80％以上をスキャフォルドでカバーすることができた。(2)カイコ完全長cDNAデータベースの構築を進め、18年度は4,000個を超える完全長cDNA配列を決めた。(3)1,738個のSNPマーカー（BACマーカー）がのった高密度連鎖地図ができた。これによりスキャフォルドを染色体上にマップすることができた。また、体色や食性、病気への抵抗性等いくつかの重要形質変異体の原因遺伝子のポジショナルクローニングに有効であり、それらの位置を絞り込むことができた。(4)カイコゲノムシーケンス情報、連鎖地図情報、物理地図情報、EST情報を統合したデータベースKAIKObaseを構築し、共同研究者が利用できる環境を整備した。(5)カイコ2型濃核病ウイルス抵抗性の原因遺伝子（nsd-2）として単離した欠損型膜タンパク質遺伝子の相補性検定を形質転換法によって行い、目的の遺伝子であることが証明された。(6)各種のプロモーターの位置効果を調べた結果、カイコの細胞質アクチン遺伝子の上流をプロモーターとするミューテーターA3GAL4が最も効率が高いことが示された。また、効率良くミューテーターを転移させることのできるジャンプスターター系統が確立した。
研究分担	農業生物資源研究所遺伝子組換えカイコ研究センター農業生物資源研究所昆虫ゲノム研究・情報解析U
予算区分	技会交付金研究技会交付金プロ委託・バイテク先端技術［昆虫テクノロジー］委託・バイテク先端技術［組換え体安全性確保］委託・その他プロ文科省［科研費］
業績	(1) Neverland is an evolutionally conserved Rieske-domain protein that is essential for ecdysone synthesis and insect growth (2) Nanometer-scale dissection of chromosomes by atomic force microscopy combine with heat-denaturing treatment (3) Evaluating promoter sequences for trapping an enhancer activity in the silkworm Bombyx mori (4) Role of the silkworm argonaute2 homolog gene in double-strand break repair of extrachromosomal (5)Development of novel genome analysis methods based on scanning probe microscope technology (6)原子間力顕微鏡による染色体特異的領域の切断及びDNA増幅 (7)SPM as a tool for genome analysis: Detection of genetic marker position and dissection of specific genome regions by using (8)Development of genomic physical mapping method based on scanning probe microscopy (9)Successive recovery of chromosome fragments using atomic force microscope for genome analysis (10)Successive dissection and recovery of chromosome nano-fragments and direct BAC mapping onto chromosomes by scanning probe microscopy (11)SPM応用によるゲノム解析：染色体の切断、回収、DNA増幅及びマッピング (12)Silkworm genome analysis: construction of an integrated genome database, (13)原子間力顕微鏡を用いたゲノム解析のための染色体断片の連続回収 (14)連鎖マーカの高精度位置比較のための走査型近接場光学原子間力顕微鏡の二色同時計測 (15)BAC末端塩基配列を利用したカイコSNP連鎖地図構築 (16)走査型プローブ顕微鏡を利用した新規ゲノム解析手法の開発 (17)Silkworm genome analysis: Integration of SNPs linkage map, physical map and sequence scaffold using BAC clone information as a staple (18)Novel genomic analysis tool based on the scanning probe microscope (19)SPMのゲノム解析及びタンパク質相互作用解析への応用 (20)走査型近接場光学原子間力顕微鏡による染色体上特定配列の高分解能マッピング (21)カイコ2型濃核病ウイルス抵抗性遺伝子nsd-2の単離と解析 (22) Construction of a single nucleotide polymorphism linkage map for the silkworm, Bombyx mori, based on bacterial artificial chromosome end sequences (23) Casein kinases I of the silkworm, Bombyx mori: Their possible roles in circadian timing and developmental determination (24) FISH analysis of the W chromosome in Bombyx mandarina and severa other species of lepidoptera by means of B. mori W-BAC probes (25) Lipophorin receptor of Bombyx mori: cDNA cloning, genomic structure, alternative splicing, and isolation of a new isoform (26) Glycine-rich protein genes, which encode a major component of the cuticle, have different developmental profiles from other cuticle protein genes in Bombyx mori (27) A second generation integrated map of the silkworm reveals synteny and conserved gene order between lepidopteran insects (28) Lepidopteran ortholog of Drosophila breathless is a receptor for the baculovirus fibroblast growth factor (29) Application of scanning probe microscopy to genetic analysis Japanese (30)The female-killing chromosome of the silkworm, Bombyx mori, was generated by translocation between the Z and W chromosomes (31) Cloning and expression analysis of takeout/JHBP family genes of silkworm, Bombyx mori (32) Purification, kinetic characterization, and molecular cloning of a novel enzyme, ecdysteroid 22-kinase (33) Polycalin (chlorophyllid A binding protein): A novel, very large fluorescent lipocalin from the midgut of the domestic silkworm Bombyx mori L (34) Proteomic analysis of silkworm fat body (35) Molecular cloning and chromosomal localization of the Bombyx Sex-lethal gene (36) SPODOBASE : an EST database for the lepidopteran crop pest (37)家蚕新規突然変異墨蛹の遺伝平成18年度日本蚕糸学会第76回大会 (38)Direct physical mapping method and its application (39)カイコゲノム解析:5. ゲノム塩基配列情報を利用した発現遺伝子マッピング (40)カイコの第6連関群におけるNc, ED, EHm, EMuの配列順序（予報） (41)ChBP (Chlorophyllid A Binding Protein), a new large fluorescent lipocalin (Polycalin) from the midgut of Bombyx mori L. (42)カイコの第6連関群におけるECw*, ENc, EMuの配列順序 (43)Difference of electrophysiological responses observed in the silkworm larvae with homo- or heterozygous genotypes of the polyphagous (pph) larvae to the bitter taste substance (44)ゲノム情報を利用したカイコ濃核病ウイルス抵抗性遺伝子の単離と解析 (45)Positional cloning of nsd-2, a densovirus-resistance gene in Bombyx mori (46)カイコ1型濃核病ウイルス抵抗性遺伝子 nsd-1 の単離と解析−ポジショナルクローニングによる遺伝子候補領域の決定 (47) 新規自然突然変異姫日油の遺伝
パーマリンク	https://agriknowledge.affrc.go.jp/RN/3030092962
収録データベース	研究課題データベース

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