(4)ブタゲノムリソースの開発と利用

(4)ブタゲノムリソースの開発と利用

課題番号2006008603
研究機関名農業生物資源研究所
研究期間新規2006-2010
年度2006
研究問題A アグリバイオリソースの高度化と活用研究
大課題該当なし
中課題(4)ブタゲノムリソースの開発と利用
小課題(4)ブタゲノムリソースの開発と利用
大項目第2 国民に対して提供するサービスその他の業務の質の向上に関する目標を達成するためとるべき措置
中項目1.試験及び研究並びに調査
摘要(1)ブタゲノムシーケンシング国際コンソーシアムに参画し、ブタ全ゲノムをカバーするBACコンティグから特定領域のBACクローン合計105個の解読をすすめた。完全長cDNA10,800個について解読を完了した。発現遺伝子配列中のSNPを2,839個検出した。ESTデータベースの機能を拡張し、Pig Expression Data Explorer(PEDE)と改称して公開を行った。(2)SLAハプロタイプとワクチン接種時の抗体価の上昇との有意な相関を認めた。椎骨数関連QTLについて、第7染色体上の40kbの領域内にQTLと一致する6つのSNPを検出した。肉の軟らかさに関与する第2染色体上のQTLについて、カルパスタチン遺伝子近傍マーカーが最も高いピークを示した。核内受容体LXRのリガンドは脂肪酸合成・代謝関連遺伝子の発現を亢進することが明らかになった。ニワトリのトレーサビリティーシステムに有効なmtDNAのSNP検索を進めた。表型選抜を受けた形質において集団中に現存する可能性の高いQTLの性質を明らかにした。(3)細胞・組織レベルでの遺伝子発現部位の解析のため、in situハイブリダイゼ−ションで生じる非特異的シグナル抑制の効果的な方法を開発した。(4)EndoGalC導入ブタには見られない表現型上の異常を示したEndoGalC遺伝子導入マウスでは、EndoGalC蛋白質が発現し糖鎖が切断されていることが明らかになった。角質の剥離を引き起こす原因は、皮膚細胞の分化異常が原因である可能性を示唆するデータが得られた。
研究分担農業生物資源研究所 家畜ゲノム研究U
予算区分技会交付金研究 技会交付金プロ 委託・バイテク先端技術[畜産ゲノム] 委託・バイテク先端技術[アグリバイオ] 委託・バイテク先端技術[食品機能性] 文科省[科研費]
業績(1) Genomic structure of swine taste receptor family 1 member 3, TAS1R3, and its expression in tissues
(2)無作為選抜が豚の離乳頭数における遺伝的能力に及ぼす影響
(3)ブタ前駆脂肪細胞の脂肪細胞への分化および脂肪蓄積におけるliver X receptorの役割
(4)ブタ品種間での肝CYP3Aサブファミリー酵素遺伝子の発現の相違
(5)豚慢性呼吸器疾病とToll-like receptor(TLR)2,4,6多型に関する研究
(6)Microsatellite diversity within the SLA region of homozygous and heterozygous samples
(7)ブタ MHC(SLA)領域内のマイクロサテライトマーカーを用いたSLAホモ/ヘテロ接合体サンプルの多型性解析
(8)新しいブタ近交系デュロック種の特徴と多型解析によるSLAハプロタイプの決定
(9)シェアバリューQTLとその候補遺伝子カルパスタチン近傍の新規マイクロサテライトマーカー
(10)金華豚とデュロック種交雑家系におけるシェアバリューQTLのマーカーアシスト導入試験
(11)Detection of sense and anti-sense transcripts from Ncam1 and Prdx2 genes in mouse tissues by in situ hybridization
(12)ブタ肉質のDNAマーカーアシスト導入研究 家畜ゲノム国際ワークショップ
(13)バークシャー種における繁殖形質に関するDNAマーカーの作出
(14)Structure of porcine genomic region for T cell receptor CD3γ-, δ-, and ε-chains
(15)Estimation of genetic parameters for reproductive traits in Syrian hamsters
(16)ミトコンドリアゲノム配列に基づいたキジ目鳥類の分子系統
(17)QTL情報を利用した育種改良の可能性と今後の課題
(18)金華豚とデュロック種交雑家系における産肉性に関するDNAマーカーを用いた選抜試験
(19)An integrated high resolution porcine RH map for genome assembly
(20)ニワトリにおける Lasp 遺伝子の転写発現様式の比較動物学的解析
(21)ブタ椎骨数に関与するQTLの単離とマーカーアシスト選抜への利用 家畜ゲノム国際ワークショップ
(22)High-resolution comprehensive radiation hybrid maps of the porcine chromosome 2p and p compared with the human chromosome 11
(23)EST及び完全長cDNA配列を利用したブタのSNP検索と連鎖地図の作成
(24)Development of Csnps to identify a variety of pig breeds and brand-pork breeds in Japan
(25)Phylogenetic analysis of avian species classically-classfied in order Galliformes based on whole mitochondrial genome
(26)豚の一腹産子数および生存産子数を指標とした家系選抜指数による生存産子数の改良効果に関する検討
(27)琉球在来豚アグーの繁殖成績
(28)豚の生存産子数を改良するための選抜の指標
(29) Analysis of the genomic structure of the porcine CD1 gene cluster
(30) Detection of novel quantitative trait loci for cutaneous melanoma by genome-wide scan in the MeLiM swine model
(31) イノブタ家系のQTL解析による日本イノシシの遺伝的肉質特性の解明
(32)制限付き選抜法における累積選抜反応および近交度の比較
(33)Comparison of genetic improvement for litter size at birth by multiple trait BLUP selection in swine herd
(34)Pig EST Data Explorer (PEDE) has included more than 10,000 porcine full-length cDNA sequences and progressed into Pig Expression Data Explorer
(35)ブタMHC(SLA)の異なるハプロタイプ間における遺伝子構造の差異
(36)抗腫瘍ニワトリを識別する一塩基多型(SNP)マーカーセットの開発
(37)Detection of polymorphisms in porcine immune genes
(38)Assignment of 117 genes localized on HSA5 to a porcine RH (IMpRH) map to generate a dense new human-pig comparative map
(39)Identification of 5'-UTR transcript variants of the porcine liver X receptor alpha (LXR-α)
(40)豚における細菌性疾患ワクチン接種後の抗体応答とSLAハプロタイプとの相関
(41)Construction of pig gene catalog: determination and application of porcine full-length cDNA sequences
(42)Collection of porcine expressed gene sequences: EST analysis and sequencing of full-length cDNAs in pigs
(43)Characterization of transcript variants of the retinoic acid receptor-related orphan receptor gamma(NR1F3; ROR γ) derived from porcine full-length cDNA libraries
(44)無作為選抜による離乳頭数の遺伝的変化
(45)ブタ肝臓におけるCYP1A分子種発現:性差および品種間差
(46)ブタの親子判定のためのマイクロサテライトマーカーセットの作製
(47)日本におけるブタゲノム研究の現状と今後の展望 家畜ゲノム国際ワークショップ
(48)Age-related gene expressions of heptatic CYP3A subfamily enzymes in Landrace pigs
(49)金華豚とデュロック種交雑家系における筋肉内脂肪含量を対象としたマーカー利用選抜の評価
(50)筋肉内脂肪量をはじめとする豚肉の品質に関わるゲノム解析の成果
(51) Quantitative trait loci mapping for fatty acid composition traits in perirenal and back fat using a Japanese wild boar × Large White intercross
(52) ランドレース豚の免疫形質と慢性疾病病変に関する品種内QTL解析
(53) Cloning of chicken lanosterol 14α-demethylase (CYP51) cDNA: Discovery of a testis-specific CYP51 transcript
(54) Assignment of 56 genes from HSA13q to the porcine IMpRH map
(55) Gender-related difference in altered gene expression of a sterol regulatory element binding protein, SREBP-2, by lead nitrate in rats: Correlation with development of hypercholesterolemia
(56) Comparison of genetic improvement for litter size at birth by direct and indirect selection in swine herd
(57) Strain difference in tolerance to low-temperature treatment of fertilized mouse oocytes
(58) Transcript variant of the porcine liver X receptor alpha(LXRα) expressed in the thymus and spleen
(59) Biased distribution of single nucleotide polymorphisms (SNPs) in porcine Toll-like receptor 1 (TLR1), TLR2, TLR4, TLR5, and TLR6 genes
(60) Assignment of 58 genes from HSA18 to the porcine IMpRH maps for SSC1 and SSC6
(61) Sequencing, mapping and nucleotide variation of porcine coat colour genes EDNRB, MYO5A, KITLG, SLC45A2, RAB27A, SILV and MITF
(62) Early embryonic death-associated changes in genome-wide gene expression profiles in the fetal placenta of the cow carrying somatic nuclear-derived cloned embryo
(63) The genomic structure and a novel alternatively spliced form of porcine pTα chain
(64) Preparation of enzymatically active human Myc-tagged-NCre recombinase exhibiting immunoreactivity with anti-Myc antibody
(65) シリアンハムスターの離乳頭数における遺伝的パラメーターの推定
(66) PEDE (Pig EST Data Explorer) has been expanded into Pig Expression Data Explorer, including 10 147 porcine full-length cDNA sequences
(67) Identification of quantitative trait loci affecting corpora lutea and number of teats in a Meishan x Duroc F2 resource population
(68) 豚において無作為選抜が離乳頭数の育種価に及ぼす影響
(69) Functional analysis of the sea urchin-derived arylsulfatase (Ars)-element in mammalian cells
(70) 豚の一腹産子数および生存産子数の選抜による産子数の改良効果
(71)DNAマーカーアシスト導入法による高肉質豚の作出
パーマリンクhttps://agriknowledge.affrc.go.jp/RN/3030092963
収録データベース研究課題データベース

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