(5)種間比較解析に向けたバイオインフォマティクス研究基盤の確立

(5)種間比較解析に向けたバイオインフォマティクス研究基盤の確立

課題番号2006008604
研究機関名農業生物資源研究所
研究期間新規2006-2010
年度2006
研究問題A アグリバイオリソースの高度化と活用研究
大課題該当なし
中課題(5)種間比較解析に向けたバイオインフォマティクス研究基盤の確立
小課題(5)種間比較解析に向けたバイオインフォマティクス研究基盤の確立
大項目第2 国民に対して提供するサービスその他の業務の質の向上に関する目標を達成するためとるべき措置
中項目1.試験及び研究並びに調査
摘要(1)ユニット内での情報共有システムなどを整備するとともに、イネアノテーションDBのミラーサイトのような情報公開システムを迅速に構築できる体制を確立した。イネいもち病菌のESTを利用した自動アノテーションで遺伝子を確定し、このシステムで公開向けデータベースを構築した。(2)カイコゲノム用に遺伝子予測プログラムを最適化し、高精度予測結果を汎用性のあるGFFフォーマットで出力した。(3)第三回イネアノテーション計画会議を国際協調下で開催し、遺伝子ファミリーのアノテーションなどを主導した。また、転写開始点の多様性を明らかにした。(4)最も効率がよい低分子化合物の構造変換方法を確定した。芳香環を側鎖に持つアミノ酸の相互作用を検出・評価する方法を開発し、PDBに適用した。(5)系統樹アノテーションシステムを用い、イネと近縁種間でオルソログを決定した。(6)ゲノム解析を行い、トランスポゾンの進化への積極的関与、イネ近縁種間の交雑、植物における遺伝子融合や分裂の速度、セントロメア領域の機能遺伝子、微生物ゲノムの自然選択強度の特徴などを明らかにすることができた。
研究分担農業生物資源研究所 ゲノム情報研究U
予算区分技会交付金研究 技会交付金プロ 委託・バイテク先端技術[グリーンテクノ] 委託・バイテク先端技術[昆虫テクノロジー] 文科省[科研費]
業績(1) Frequent emergence and functional resurrection of processed pseudogenes in the human and mouse genomes
(2) Rate and polarity of gene fusion and fission in Oryza sativa and Arabidopsis thaliana
(3)比較ゲノム解析による栽培イネと野生イネの系統関係の解明
(4)Molecular phylogeny of cultivated and wild rice species disclosed by comparative genomics
(5) Birth and death of genes promoted by transposable elements in Oryza sativa
(6)化合物構造3次元化法の評価
(7)The Rice Annotation Project (RAP): manually curated annotation and analysis of the IRGSP genome
(8)Annotation of the rice genome and perspective about application to other cereals
(9)Curated annotation and evolutionary analysis of the rice genome
(10)Molecular phylogeny of cultivated and wild rice species disclosed by comparative genomics
(11)A novel method to determine the assembling space between two protein subunits
(12)The rice annotation project database: Towards analysis of newly identified genes
(13)A novel method of calculating the volume of the space between two subunits of a protein
(14)cDNA-based genome annotation of Oryza sativa spp. japonica cv. Nipponbare
(15)Annotation, analysis and database of the rice genome
(16)Comparative genome analysis between rice and arabidopsis based on the curated annotation data of the rice annotation project (RAP) 2006
(17)The Rice Annotation Project (RAP): manually curated annotation and analysis of the IRGSP genome
(18)The Rice Annotation Project Database (RAP-DB): Repository of Oryza sativa ssp. japonica genome information
(19)Curated genome annotation of Oryza sativa ssp. japonica and comparative genome analysis with Arabidopsis thaliana
(20) Alternative splicing in human transcriptome: Functional and structural influence on proteins
(21) TACT: Transcriptome auto-annotation conducting tool of H-InvDB
パーマリンクhttps://agriknowledge.affrc.go.jp/RN/3030092964
収録データベース研究課題データベース

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