(1)ゲノム情報に基づくタンパク質の構造と機能の解明

(1)ゲノム情報に基づくタンパク質の構造と機能の解明

課題番号2006008618
研究機関名農業生物資源研究所
研究期間新規2006-2010
年度2006
研究問題B ゲノム情報と生体情報に基づく革新的農業生産技術の研究開発
大課題5)ゲノム情報に基づくタンパク質の構造と機能の解明
中課題(1)ゲノム情報に基づくタンパク質の構造と機能の解明
小課題(1)ゲノム情報に基づくタンパク質の構造と機能の解明
大項目第2 国民に対して提供するサービスその他の業務の質の向上に関する目標を達成するためとるべき措置
中項目1.試験及び研究並びに調査
摘要(1)植物の光シグナル伝達機構の構造生物学研究では、ダイマー形成能を有するPHYB(621-782)とPHY特異的脱リン酸化酵素PAPP5のTPRドメインについて有力な結晶化条件を見出した。(2)オーキシン情報伝達系の研究では、トウモロコシ由来CBP1の完全長cDNAを取得するとともに、全長ABP1を利用した親和架橋法による相互作用タンパク質の探索実験系を構築した。(3)Nodファクター受容体の研究では、不溶性タンパク質として発現されるNFR1及びNFR5の細胞外リガンド結合ドメインの各種フラグメントについてリフォールディング条件を検討し、低pH条件での可溶化を実現した。(3)SUMOリガーゼの研究では、PIAS/Sizファミリーに共通のSAPドメインの構造機能解析を行った。酵母Siz1についてはSAPのNMR溶液構造とDNA結合領域を特定した。イネSiz1についてはNMRシグナルの連鎖帰属を完了しDNA結合領域を特定した。また、植物のPIAS/Sizファミリーには特異的なPHDドメインが存在するが、イネSiz1のPHDについてNMRシグナルの連鎖帰属を完了し、トリメチル化ヒストンH3結合領域を特定した。(4)幼弱ホルモン結合タンパク質の研究では、カイコ由来レチノイン酸結合タンパク質(RABP)についてNMRシグナルの連鎖帰属を完了して二次構造領域を特定した。(5)糖質代謝関連酵素ネットワークの研究では、直鎖状末端ガラクトースにのみ作用する糸状菌由来a-ガラクトシダーゼaGal-Iの結晶構造を決定した。直鎖状末端ガラクトースと側鎖ガラクトースの両方に作用するイネ由来aGalが単量体なのに対して、aGal-Iは4量体構造を形成し、その分子間奥に触媒部位が存在するため、側鎖ガラクトースの進入が困難となり高い基質特異性を示すものと考えられる。(6)生体内におけるタンパク質の生合成・分解機構に関する研究では、構築を進めていたカイコプロテオームデータベースを生物研ホームページ上に公開した。本データベースでは4齢1日目から成虫まで22日間にわたる主要組織から抽出されたタンパク質の二次元電気泳動像を時系列的に掲載しており、特定タンパク質の発現の時間的な推移を観測することが出来る。現状において最も情報量の多いデータベースであるカイコの成長に伴うタンパク質の生合成・分解機構の解明に大きく貢献するものと期待される。(7)質量分析によるGMO高速検出システムの構築では、システムの構築にあたって最重要な核酸のイオン化条件の最適化に向けてさまざまな方法を検討した。
研究分担農業生物資源研究所 タンパク質機能研究U
予算区分技会交付金研究 技会交付金プロ 委託・バイテク先端技術[昆虫テクノロジー] 委託・バイテク先端技術[組換え体安全性確保] 文科省[科研費]
業績(1) Negatively charged residue block attached to either the N- or C-terminus of α-helical alanine block has different effects on the helix-coil transition
(2) Draft of silkworm proteome database
(3) Tailoring a novel sialic acid-binding lectin from a ricin-b chain-like galactose-binding protein by natural evolution-mimicry
(4) Crystallization and preliminary X-ray diffraction studies of the terminal oxygenase component of carbazole 1,9a-dioxygenase from Nocardioides aromaticivorans IC177
(5) Proteomic analysis of silkworm fat body
(6)Sphingomonas sp. KA1株由来carbazole 1, a-dioxygenaseのオキシゲナーゼコンポーネントのX線結晶構造解析
(7)Shingomonas sp. KA1株由来carbazole 1,a-dioxygenaseのオキシゲナーゼコンポーネントのX線結晶構造解析
(8)カイコタンパク質の網羅的解析とそのデータベース化
(9)合成遺伝子ライブラリを用いたα3β3デノボタンバク質の構築
(10)Nocardioides aromaticivorans IC177株由来カルバゾールジオキシゲナーゼのX線結晶構造解析
(11)放線菌由来キシラナーゼの基質特異性の改変
(12)カルバゾール初発酸化酵素carbazole 1,a-dioxygenaseにおけるangular dioxygenation触媒サイクルの構造生物学的解明
(13)Three-dimensional structure analysis of the selenium complexes of phytochelatin analog
(14)Structure of the N-terminal domain of SUMO ligase Siz1 from Succhromyces cerevisiae
(15)Crystal structure of ADP bound motor domain of the rice kinesin K16 reveals a novel conformation
(16)NMR structure of rice phytochrome B PAS1 domain and its dimerization mechanism
(17)Molecular mechanisms of phytochrome signaling
(18)Carbazole 1, a-dioxygenase変異酵素の構造解析による基質認識機構の解析
(19)Carbazole 1,a-dioxygenaseにおけるオキシゲナーゼコンポーネントの部位特異的変異導入体のX線結晶構造解析
(20)Regulation of phytochrome signaling : Domain structures and functions
(21)Three-dimensional solution structure of the PAS1 domain of phytochrome A from rice
(22)Plant photoreceptor phytochrome A and B have different dimerization mechanisms
(23)カイコプロテオームデータベースの構築
(24)カイコ絹糸腺タンパク質の二次元電気泳動と質量分析による分析
(25)カイコ(Bombyx mori)プロテオームデータベースの構築について
(26) Contribution of the C-terminal region to the thermostability of the archaeal group II chaperonin from Thermococcus sp. strain KS-1
(27) Identification of a glycosylphosphatidylinositol-anchored plasma membrane protein interacting with the C-terminus of auxin-binding protein 1: a photoaffinity crosslinking study
(28) Electron transfer complex formation between oxygenase and ferredoxin components in Rieske nonheme iron oxygenase system
パーマリンクhttps://agriknowledge.affrc.go.jp/RN/3030092978
収録データベース研究課題データベース

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