(2)イネ及びイネ科作物のゲノムリソースの開発と利用

(2)イネ及びイネ科作物のゲノムリソースの開発と利用

課題番号200709625
研究機関名農業生物資源研究所
研究期間2006-2010
年度2007
大課題該当なし
中課題(2)イネ及びイネ科作物のゲノムリソースの開発と利用
小課題(2)イネ及びイネ科作物のゲノムリソースの開発と利用
大項目第2 国民に対して提供するサービスその他の業務の質の向上に関する目標を達成するためとるべき措置
中項目1.試験及び研究並びに調査
摘要1.イネ完全長 cDNAのうち新規な 1,849クローンの配列解読を行って公開した。また遺伝子発現におけるシス因子の検出のツールを開発し、RiCESと名付けて公開した(図1http://hpc.irri.cgiar.org/tool/nias/ces)。RiCESは、ユーザが定義した遺伝子群において保存的に見られるモチーフを表示したり、研究者自身の実験によって得られた新規シス因子候補、ならびにそれらの組み合わせパターンについても表示できる。2.新規なオオムギ完全長クローンの全長解読を進め、このうち20,000配列について解読が終了した。3.栽培・野生から作製した BACライブラリーを用いて12種類の遺伝子の配列決定を行った。また昨年度単離した脱粒性遺伝子 qSH1以外に新しい脱粒性遺伝子を同定した。4.植物タンパクをドメインの類似度を指標に分類した SALADデータベースを改良して試用公開にまで行っている。5.イネのテロメア領域には染色体特異的な塩基置換が主にテロメアリピートの Tに多く起こり、染色体特異的な塩基置換がテロメア複製時に急速に増幅されていった様子が明らかになった (図2)。6.オオムギの閉花性遺伝子の座乗領域を 0.06cMまで狭めることができた。7.昨年度作製したコムギ FT遺伝子のオーソログをコムギ植物内で発現した個体を利用して、コムギの vernalization関連の遺伝子が相互に制御しあっており、イネには見られない遺伝子制御が明らかになった。8.Tos17挿入部位の18,578件のシークエンスデータを取得し、データベースに入力した。Tos17データベースで公開しているTos17挿入部位数は、33,772箇所となった。9.FOX(過剰発現)イネ系統の作製を継続して実施した。本年度までに配布対象のFOX系統数は、RIKEN由来が8,220系統、FAIS由来が515系統、計8,735系統となった。10.新規なイネ完全長cDNA、4,902クローンのグリセロールストック作成、配布用DNA調製及び品質チェックを実施した。分譲業務においては、イネ完全長cDNAクローン:534件、3,357クローン、Tos17変異系統:176件、936系統、遺伝解析材料:34件、集団(BIL, CSSL等)19セット、個別53系統、親品種17系統を提供した (図3)。また、遺伝解析材料として、 コシヒカリ/Nona Bokura(CSSL44系統)を含む新たな3集団を公開した。11.マイクロアレイ研究支援は、5年間のイネゲノムプロジェクト関係者の支援経験を元に、平成20年2月農業生物資源研究所の開放型研究施設(オープンラボ)として公開した(図4)。平成19年度の利用実績は、133回であった。
研究分担植物ゲノム研究U,(基盤)
ゲノムリソースセンター
予算区分技会交付金研究 委託・バイテク先端技術[アグリ・ゲノム] 技会・その他 文科省・JST競争的資金 その他 文科省[科研費]
業績(1)Self-organizing clustering: Non-hierarchical clustering for large scale DNA sequence data
(2)Effects of the removal of cotyledons on endogenous gibberellin levels in hypocotyls of young cucumber and tomato seedlings
(3)A phylogenetic analysis based on nucleotide sequence of a marker linked to the brittle rachis locus indicates a diphyletic origin of barley
(4)The Generation Challenge Programme (GCP) platform: Semantic standards and workbench for crop science International
(5)Real-Time PCR: Revolutionizing detection and expression analysis of genes
(6)Molecular breeding of a novel herbicide-tolerant rice by gene targeting
(7)Characterization of SSIIIa-deficient mutants of rice: The function of SSIIIa and pleiotropic effects by SSIIIa deficiency in the rice endosperm
(8)QTL analysis of low temperature_induced browning in soybean seed coats
(9)Dissecting of the FHB resistance QTL on the short arm of wheat chromosome 2D using a comparative genomic approach: from QTL to candidate gene
(10)Herbicide-induced anthocyanin accumulation in transgenic rice by expression of rice OSB2 under the control of rice CYP72A21 promoter
(11)Rice OsHKT2;1 transporter mediates large Na+ influx component into K+-starved roots for growth
(12)Transcriptional activation of Cor/Lea genes and increase in abiotic stress tolerance through expression of a wheat DREB2 homolog in transgenic tobacco
(13)Characterization of a histidine- and alanine-rich protein showing interaction with calreticulin in rice
(14)Transcriptional profiling of indica rice cultivar IET8585 (Ajaya) infected with bacterial leaf blight pathogen Xanthomonas oryzae pv oryzae
(15)Combining in silico mapping and arraying: an approach to identifying common candidate genes for submergence tolerance and resistance to bacterial leaf blight in rice
(16)Insights into the Musa genome: syntenic relationships to rice and between Musa species
(17)Two alternatively spliced transcripts generated from OsMUS81, a rice homolog of yeast MUS81, are up-regulated by DNA-damaging treatments
(18)Chromosome-specific distribution of nucleotide substitutions in telomeric repeats of rice (Oryza sativa L.)
(19)A genome-wide gain-of-function analysis of rice genes using the FOX-hunting system
(20)Mapping diploid wheat homologues of Arabidopsis seed ABA signaling genes and QTLs for seed dormancy
(21)A Germ cell_specific gene of the ARGONAUTE family is essential for the progression of premeiotic mitosis and meiosis during sporogenesis in rice
(22)A Ds-insertion mutant of OSH6 (Oryza sativa Homeobox 6) exhibits outgrowth of vestigial leaf-like structures, bracts, in rice
(23)Analysis of the barley chromosome 2 region containing the six-rowed spike gene vrs1 reveals a breakdown of rice_barley micro collinearity by a transposition
(24)Localization of quantitative trait loci for yield components in a cross oriental × occidental barley cultivar (Hordeum vulgare L.)
(25)Gene organization in rice revealed by full-length cDNA mapping and gene expression analysis through microarray
(26)The repression of cell wall- and plastid-related genes and the induction of defense-related genes in rice plants infected with Rice dwarf virus
(27)Barley grain with adhering hulls is controlled by an ERF family transcription factor gene regulating a lipid biosynthesis pathway
(28)Molecular characterization the YABBY gene family in Oryza sativa and expression analysis of OsYABBY1
(29)The plastid sigma factor SIG1 maintains photosystem I activity via regulated expression of the psaA operon in rice chloroplasts
(30)Contribution of gibberellin deactivation by AtGA2ox2 to the suppression of germination of dark-imbibed Arabidopsis thaliana seeds
(31)Characterization and host range determination of soybean super virulent Agrobacterium tumefaciens KAT23
(32)麦類植物の受粉性の識別方法とその利用による麦類植物の改良方法
(33)植物の再分化能に関与する遺伝子およびその利用
パーマリンクhttps://agriknowledge.affrc.go.jp/RN/3030093211
収録データベース研究課題データベース

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