(6)種間比較解析に向けたバイオインフォマティクス研究基盤の確立

(6)種間比較解析に向けたバイオインフォマティクス研究基盤の確立

課題番号200709629
研究機関名農業生物資源研究所
研究期間2006-2010
年度2007
大課題該当なし
中課題(6)種間比較解析に向けたバイオインフォマティクス研究基盤の確立
小課題(6)種間比較解析に向けたバイオインフォマティクス研究基盤の確立
大項目第2 国民に対して提供するサービスその他の業務の質の向上に関する目標を達成するためとるべき措置
中項目1.試験及び研究並びに調査
摘要我々は、2004年にイネの全ゲノム塩基配列が決定されて以降、国際協調下のアノテーション推進を主導しており、今年度も第4回イネアノテーション計画会議(RAP4)を開催した。この会議では、実際にRAPのアノテーション情報を利用した研究発表を行い、またイネゲノム研究の将来的な研究展開を方向付けた。加えて、引き続きアノテーションデータの作成及びデータベース公開も行っており(図)、国際プロジェクトとしての論文も出版した。RAPの活動に関してはその実績が農林水産研究成果10大トピックスに選定されるなど外部でも評価を得ており、今後の情報解析の中核として期待される。我々は特に、汎用性が高く利便性の高いアノテーションパイプラインの開発を行っており、農業生物資源研究所がMOUを締結しているフランス国立農学研究所(INRA)とも共同研究を行っている。INRAでは国際コムギゲノム配列決定共同体(IWGSC)の主要機関としてアノテーションシステム(TriAnnot Pipeline)を構築しており、我々が作成したモジュールをこれに組み込むべく、相互に研究者が短期訪問しながら作業を進めている。これらの配列情報を利用した比較解析の一環として、植物ゲノム研究ユニットを中心に決められたオオムギ完全長cDNAも利用しながら、主要穀類のオルソログ(種間で対応する遺伝子)のデータセット及びブラウザを作成した。例えばイネとオオムギの間では系統樹の証拠をもってオルソログと判定されるものが2,301あり(表)、このうち農業生物資源研究所で決定された完全長cDNAに由来する新規配列は実に2,182本であった。今後はこのオオムギ配列を農業生物資源研究所の重要な資産として活用していく必要がある。代謝に関するテキストマイニングと代謝マップへの新規対応付けも行っており、イネに関してはKEGGのイネやシロイヌナズナでカバーできていない400の酵素候補を発見できた。タンパク質立体構造に関してはサブユニット間会合体積計算サーバーを構築し、また、タンパク質とリガンドの複合体のドッキング構造予測のための条件検討を行っている。
研究分担ゲノム情報研究U,(基盤)
予算区分技会交付金研究 委託・バイテク先端技術[アグリ・ゲノム] 文科省[科研費]
業績(1)The H-Invitational Database (H-InvDB), a comprehensive annotation resource for human genes and transcripts
(2)Evola: Ortholog database of all human genes in H-InvDB with manual curation of phylogenetic trees
(3)The rice annotation project database (RAP-DB): 2008 update
パーマリンクhttps://agriknowledge.affrc.go.jp/RN/3030093215
収録データベース研究課題データベース

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