（１）多様性研究によるイネ遺伝資源の高度化と利用

課題番号	2008010708
研究機関名	農業生物資源研究所
研究期間	2006-2010
年度	2008
大課題	該当なし
中課題	（１）多様性研究によるイネ遺伝資源の高度化と利用
小課題	（１）多様性研究によるイネ遺伝資源の高度化と利用
大項目	第２国民に対して提供するサービスその他の業務の質の向上に関する目標を達成するためとるべき措置
中項目	１．試験及び研究並びに調査
摘要	１．次世代シークエンサーによるコシヒカリのゲノム配列解析を行い、日本晴の約80%に相当するゲノム領域の塩基配列を明らかにした。また日本晴とコシヒカリの間で約67,000個のSNPを抽出した。２．染色体断片置換系統群（CSSL系統群）の作出については、日本晴とコシヒカリの組み合わせで最終候補個体を選抜し、分譲用の種子を確保した。その他の組み合わせでは、戻し交雑並びに個体選抜を行った。３．日本晴とコシヒカリの出穂期の差を決定しているHd16については、遺伝子近傍の一塩基多型のマーカー化を進めて候補領域を約275kbに絞り込むとともに、同定した候補遺伝子の相補性検定によってその機能を確認した。４．いもち病圃場抵抗性遺伝子Pi35(t)の候補遺伝子の機能を形質転換による相補性検定によって確認し、NBS-LRR遺伝子が圃場抵抗性遺伝子Pi35(t)であることを立証した。Brizdeのいもち病罹病性に関するQTL（qBS9）の候補ゲノム領域を288kbに絞り込んだ。５．Gemjah Betonの地表根（養分吸収の効率に関与）に関わるQTLを第1及び第7染色体上に検出した。６．日本晴とコシヒカリのBILs及びCSSLsを利用し、コシヒカリの穂発芽耐性に関わるQTLを第3染色体短腕末端領域に検出した。さらにそのQTL候補ゲノム領域を約470kbに絞り込んだ。７．日本晴の短稈遺伝子の候補ゲノム領域を約660kbに限定した。８．ソース能力の遺伝解析に利用可能な実験系統群を作出し、Kasalathが持つ炭素同位体分別比を向上させるQTLを第3染色体に、ハバタキがもつ葉色（SPAD値）を濃くするQTLを4染色体に検出した。また葉面温度（群落の拡散伝導度の指標）に関するQTLを第2染色体に検出した。９．アケノホシがもつ籾数を増加させるQTLを第4染色体に、タカナリがもつ止葉を長くするQTLを第4及び第10染色体に検出した。10．いもち病圃場抵抗性遺伝子pi21をもつコシヒカリ背景の育成系統中部125号の遺伝的背景を調査し、第2染色体25Mb領域及び第12染色体26Mb領域にミネアサヒのゲノム断片の残存を確認した。Pi21座長腕末端側27〜34kbに戦捷がもつ食味値を低下させる遺伝子の存在を明らかにした。
研究分担	（独）農業生物資源研究所,基盤研究領域,ＱＴＬゲノム育種研究センター（独）農業生物資源研究所,基盤研究領域,ＱＴＬゲノム育種研究センター（独）農業生物資源研究所,基盤研究領域,ＱＴＬゲノム育種研究センター（独）農業生物資源研究所,基盤研究領域,ＱＴＬゲノム育種研究センター（独）農業生物資源研究所,基盤研究領域,ＱＴＬゲノム育種研究センター（独）農業生物資源研究所,基盤研究領域,ＱＴＬゲノム育種研究センター（独）農業生物資源研究所,基盤研究領域,ＱＴＬゲノム育種研究センター（独）農業生物資源研究所,基盤研究領域,ＱＴＬゲノム育種研究センター（独）農業生物資源研究所,基盤研究領域,ＱＴＬゲノム育種研究センター（独）農業生物資源研究所,基盤研究領域,ＱＴＬゲノム育種研究センター（独）農業生物資源研究所,基盤研究領域,ＱＴＬゲノム育種研究センター（独）農業生物資源研究所,基盤研究領域,ＱＴＬゲノム育種研究センター（独）農業生物資源研究所,基盤研究領域,ＱＴＬゲノム育種研究センター
協力分担関係	国立大学法人名古屋大学独立行政法人農業・食品産業技術総合研究機構国立大学法人東京農工大学北海道ホクレン農業協同組合連合会富山県国立大学法人九州大学福井県国立大学法人筑波大学福岡県農業総合試験場
予算区分	技会交付金研究委託・バイテク先端技術［新農業展開ゲノムプロ］技会・その他文科省［科研費］
業績	(1)SNP多型情報にもとづく日本の近代育成イネ品種群のゲノム構成 (2)Fine mapping of a deeper-rooting QTL, Dro1, on chromosome 9 in rice (3)水稲の炭素同位体分別を制御するQTLの検出とその気孔コンダクタンスへの貢献度 (4)Biotechnology in germplasm conservation (5)Unveiling QTLs involved in differences in flowering time between Japanese rice cultivars (6)Transgenic wheat expressing human cytochrome P450 1A1 gene (7)赤外線サーモグラフィを用いた水稲気孔コンダクタンスの品種間差異の簡易評価法 (8)次世代シーケンサによるイネの近縁品種間におけるゲノムワイドなSNP検出とその利用 (9)ゲノミクスを背景とした作物育種の新展開 (10)ゲノミクスを背景とした作物育種の新展開 (11)ゲノミックスを背景とした新たな作物育種の展開 (12)作物育種とゲノミクス −遺伝子選抜からゲノム選抜へ− (13)日本イネ品種から見出された半矮性に関係する新規なQTL (14)イネ表現型データベースの構築と利用ツールの作成 (1)QTL・遺伝子情報の収集と整理 (15)Variation in root morphology and anatomy among accessions of cultivated rice (Oryza sativa L.) with different genetic backgrounds (16)A major quantitative trait locus controlling cadmium translocation in rice (Oryza sativa) (17)Cryopreservation of shoot tips of endangered Hayachine-usuyukiso (Leontopodium hayachinense (Takeda) Hara et Kitam.) using a vitrification protocol (18)Major QTLs for eating quality of an elite Japanese rice cultivar, Koshihikari, on the short arm of chromosome 3 (19)Detection of novel flowering time QTLs associated with wide adaptability from Japanese rice cultivar Koshihikari (20)Genome-wide detection of single nucleotide polymorphisms in diverse rice accessions (21)Detection of a quantitative trait locus controlling carbon isotope discrimination and its contribution to stomatal conductance in japonica rice (22)イネ第8染色体上の低NH4+濃度において窒素利用を支配しているQTLの特徴付けと連鎖解析 (23)Deletion in a gene associated with grain size increased yields during rice domestication (24)Ehd2, a rice ortholog of the maize INDETERMINATE1 gene, promotes flowering by up-regulating Ehd1 (25)Novel QTLs for photoperiodic flowering revealed by using reciprocal backcross inbred lines from crosses between japonica rice cultivars (26)Two loosely linked genes controlling the female specificity for cross-incompatibility in rice (27)Verification of quantitative trait locus for stickiness of cooked rice and amylose content by developing near-isogenic lines (28)Characterization of a new rice glutelin gene GluD-1 expressed in the starchy endosperm (29)Identification of QTLs for improvement of plant type in rice (Oryza sativa L.) using Koshihikari / Kasalath chromosome segment substitution lines and backcross progeny F2 population (30)日本及び世界のイネ294品種の穂形質についての主成分分析 (31)Reply to “Japonica rice carried to, not from, Southeast Asia” (32)Bayesian multilocus association mapping on ordinal and censored traits and its application to the analysis of genetic variation among Oryza sativa L. germplasms (33)イネ膜貫通型レセプターと推定されるDENSE PANICLE 1 の細胞外ドメインの欠失が半矮性および個体あたりの穎花数の増加をもたらす (34)A bacterial-type ABC transporter is involved in aluminum tolerance in rice (35)イネ収量ポテンシャルの生態生理的および遺伝的決定機構に関する研究 (36)Development of mini core collection of Japanese rice landrace (37)Two adjacent nucleotide-binding site-leucine-rich repeat class genes are required to confer Pikm-specific rice blast resistance (38)Molecular identification of a major quantitative trait locus, qLTG31, controlling low-temperature germinability in rice (39)フィリピンのイネ品種Ingngoppor-tinawonが保有するいもち病圃場抵抗性に関するQTL解析 (40)SNPアレイによるイネのゲノムワイドジェノタイピング系の構築 (41)イネコアコレクションを利用したSNP検出 (42)ゲノム情報を利用したイネ遺伝資源の多様性解析 (43)イネ属における感光性遺伝子Hd3a-RFT1領域のゲノム多様性の解明 (44)Genetic dissection of natural variations in complex traits of rice (45)イネの分げつ伸長に関与するRcn1遺伝子の同定 (46)次世代シークエンサーによる日本のイネ品種コシヒカリのゲノム解読によるゲノムワイドなSNPの検出 (47)Genetic dissection and pyramiding of quantitative traits for panicle architecture by using chromosomal segment substitution lines in rice (48)Pikm特異的イネいもち病抵抗性の付与には2つのNBS-LRR遺伝子が必要である (49)イネいもち病抵抗性遺伝子Pik-mは2つのNBS-LRR遺伝子からなる (50)Genomics-based germplasm enhancement and genetic dissection of natural variations in rice (51)Genome wide SNPs discovery among japonica cultivars in rice using next-generation sequencing technology (52)Uncovering the naturally occurring variations in flowering time of rice (53)イネの選抜方法（イネ科植物の選抜方法）（高度の発芽性を有する植物を選抜する方法） (54)植物の開花時期を促進するEhd1遺伝子およびその利用（イネの出穂促進遺伝子Ehd1とその利用） (55)植物の開花を誘導する遺伝子Hd3aおよびその利用 (56)次世代シークエンサーによるコシヒカリゲノム解読と日本稲品種間のSNP解析 (57)Uncovering the naturally occurring variations in flowering time in rice (58)Genomics-based germplasm enhancement and new paradigm in rice breeding (59)Effects of variations in starch synthase on starch properties and eating quality of rice (60)Mutation of a rice gene encoding a phenylalanine biosynthetic enzyme results in accumulation of phenylalanine and tryptophan (61)Rice shoot branching requires an ATP-binding cassette subfamily G protein (62)暖地において密播した晩播水稲の生育および収量・品質特性 (63)暖地の湛水直播栽培における晩播水稲の生育および収量・品質特性 (64)コシヒカリと同質の遺伝的背景を持つ極早生の水稲品種「コシヒカリ関東HD1号」の育成 (65)染色体断片置換系統群を利用したイネの玄米外観品質に関与するQTLの検出 (66)次世代シークエンサーによるイネゲノム解読とＳＮＰ検出 (67)ササニシキとハバタキ由来の籾数増加QTLを導入した準同質遺伝子系統群の圃場条件における収量とその制限要因 (68)水稲の光合成速度に関わる量的形質遺伝子座の推定と機能解析―第4染色体に着目して― (69)イネ種子代謝形質のメタボロームQTL解析 (70)イネの高温登熟耐性に関するQTL解析 (71)イネ染色体断片置換系統群の作出とその利用
パーマリンク	https://agriknowledge.affrc.go.jp/RN/3030093456
収録データベース	研究課題データベース

（１）多様性研究によるイネ遺伝資源の高度化と利用

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