(2)イネ及びイネ科作物のゲノムリソースの開発と利用

(2)イネ及びイネ科作物のゲノムリソースの開発と利用

課題番号2008010709
研究機関名農業生物資源研究所
研究期間2006-2010
年度2008
大課題該当なし
中課題(2)イネ及びイネ科作物のゲノムリソースの開発と利用
小課題(2)イネ及びイネ科作物のゲノムリソースの開発と利用
大項目第2 国民に対して提供するサービスその他の業務の質の向上に関する目標を達成するためとるべき措置
中項目1.試験及び研究並びに調査
摘要1.研究リソースのTos17突然変異体系統については、約5万系統整備し、データベース公開及び種子の配布業務を実施している。2.約3万8千のイネ完全長cDNAと遺伝解析材料については、配布用のリソースとして適切に整備されており、年間を通して分譲依頼に応えている。3.過剰発現体のFOX系統については、14,000系統の形質転換体を作出したが、種子数が少ない(20粒以下)系統もあり、種子増殖を図っている。新規FOX系統の作出について、20年度から導入遺伝子を転写因子群に絞り作出を進めている。一般公開までには至っていない。4.20年2月に開設したマイクロアレイ解析室オープンラボは、多くの利用者に支えられ、順調に稼働している。20年度の利用者は175人であり、週平均3.4人の利用があった。5.情報リソースの整備として、20年度からマイクロアレイ技術を利用したイネの全生育ステージにおける各器官・組織の発現プロファイルを開始し、約500データを集積した。葉身、葉鞘、茎、根、葯、胚及び胚乳等の48サンプルの遺伝子発現結果について、器官・組織間の相関を調査した。6.転写因子遺伝子ファミリーについて、動物では多細胞化、植物では陸上進出の際に転写因子の種類が飛躍的に増加していることが明らかになった。オオムギの完全長cDNAクローンについては19年度作成したカスタムアレイを用いて種々の条件で遺伝子発現実験を行い、完全長クローンの機能アノテーションを行った。また完全長cDNA配列を公開するためのウエブサイトを充実させた。7.脱粒性遺伝子(sh4)、開花関連遺伝子(Hd1等)について栽培・野生イネにおける配列変異を調査した結果、遺伝子によって非常に多様度が異なることが明らかになった。またイネ種子の粒幅を決定するqSW5遺伝子を単離し、qSH1、Wxとともに解析した結果、東南アジアを起源とする可能性が高いとの結果を得て、発表した。8.オオムギの条性遺伝子(vrs1)について野生オオムギの遺伝子配列を比較することにより、野生二条オオムギから現在の二条・六条ムギが成立する過程を推定した。またオオムギの閉花性遺伝子(Cly1)を1つのORFまで限定した。本遺伝子は転写因子をコードしていた。9.オオムギの出穂期を制御するFTの相同遺伝子候補を導入した形質転換イネの形質調査・発現解析によって1種類のFTの相同遺伝子遺伝子がオオムギの主要な日長反応性遺伝子の一つPpd-H2とおなじであることを明らかにした。10.早刈り後に再生性を示すスーダングラスとソルガムを用いてQTL解析を行った結果、3カ所に再生性(茎数、草丈)に関するQTLを検出した(この部分はQTLゲノム育種研究センターの成果である)。またソルガムの重大な病害である紫斑点病抵抗性遺伝子に関与する遺伝子(ds1)を、約300kbの領域にまで絞り込むことができた。11.植物ドメインデータベースSALADを5月から公開し、プレスリリースを行った(http://salad.dna.affrc.go.jp/salad/)。現在さらに遺伝子発現データとリンクさせることでバージョンアップしたSALADを開発中である。12.イネの第9染色体リボソームRNA遺伝子領域の特徴を、fiber-FISH法を応用して明らかにした。今までの結果と併せ、イネゲノムプロジェクトで未解読であったほぼ全ての領域の構造を現在の技術で可能な限り明らかにした。13.公開ソルガムゲノム配列からSSRを検出し、30,000以上のSSRマーカー候補を作出した。このうち69%は多型検出に利用可能と推定された。またイントロンを含む一部の領域を増幅し、配列を見た結果、2,500程度の領域にSNPs 又はIndelマーカーを作出可能と判定した(この箇所QTLゲノム育種研究センターと共同担当)。
研究分担(独)農業生物資源研究所,基盤研究領域,植物ゲノム研究ユニット
(独)農業生物資源研究所,基盤研究領域,植物ゲノム研究ユニット
(独)農業生物資源研究所,基盤研究領域,植物ゲノム研究ユニット
(独)農業生物資源研究所,基盤研究領域,植物ゲノム研究ユニット
(独)農業生物資源研究所,基盤研究領域,植物ゲノム研究ユニット
(独)農業生物資源研究所,基盤研究領域,植物ゲノム研究ユニット
(独)農業生物資源研究所,基盤研究領域,植物ゲノム研究ユニット
(独)農業生物資源研究所,基盤研究領域,植物ゲノム研究ユニット
(独)農業生物資源研究所,基盤研究領域,植物ゲノム研究ユニット
(独)農業生物資源研究所,基盤研究領域,ゲノムリソースセンター
(独)農業生物資源研究所,基盤研究領域,ゲノムリソースセンター
(独)農業生物資源研究所,基盤研究領域,ゲノムリソースセンター
(独)農業生物資源研究所,基盤研究領域,ゲノムリソースセンター
(独)農業生物資源研究所,基盤研究領域,ゲノムリソースセンター
(独)農業生物資源研究所,基盤研究領域,ゲノムリソースセンター
協力分担関係国立大学法人九州大学
社団法人農林水産先端技術産業振興センター
国立大学法人名古屋大学
独立行政法人産業技術総合研究所
株式会社グリーンソニア
独立行政法人農業・食品産業技術総合研究機構
京都府公立大学法人
ホクレン農業協同組合連合会
国立大学法人岡山大学
公立大学法人福井県立大学
予算区分技会交付金研究 イノベーション創出事業 委託・バイテク先端技術[新農業展開ゲノムプロ] 委託・その他プロ 文科省[科研費] その他
業績(1)Enhanced soybean infection by the legume “super-virulent” Agrobacterium tumefaciens strain KAT23
(2)Disruption of a novel gene for a NAC-domain protein in rice confers resistance to Rice dwarf virus
(3)Promoter analysis of OsAMT1;2 and OsAMT1;3 implies their distinct roles in nitrogen utilization in rice
(4)Molecular and evolutionary analysis of the Hd6 photoperiod sensitivity gene within genus Oryza
(5)Analysis of expressed sequence tags in apomictic guineagrass (Panicum maximum)
(6)Analysis of intraspecies diversity in wheat and barley genomes identifies breakpoints of ancient haplotypes and provides insight in the structure of diploid and hexaploid Triticeae gene pools
(7)Molecular evolution and phylogeny of the RPB2 gene in the genus Hordeum
(8)A genetic network of flowering-time genes in wheat leaves, in which an APETALA1/FRUITFULL-like gene, VRN1, is upstream of FLOWERING LOCUS T
(9)A quantitative trait locus for reduced culm internode length in barley segregates as a Mendelian gene
(10)Filament formation and robust strand exchange activities of the rice DMC1A and DMC1B proteins
(11)Efficient transformation of wheat by using a mutated rice acetolactate synthase gene as a selectable marker
(12)Characterization of chromosome ends on the basis of the structure of TrsA subtelomeric repeats in rice (Oryza sativa L.)
(13)Characterization of internal structure of the nucleolar organizing region in rice (Oryza sativa L.)
(14)High-resolution mapping revealed a 1.3-Mbp genomic inversion in Ssi1, a dominant semidwarf gene in rice (Oryza sativa)
(15)In silico identification of short nucleotide sequences associated with gene expression of pollen development in rice
(16)Loss of cytosolic fructose-1,6-bisphosphatase limits photosynthetic sucrose synthesis and causes severe growth retardations in rice (Oryza sativa)
(17)Inference of the japonica rice domestication process from the distribution of six functional nucleotide polymorphisms of domestication-related genes in various landraces and modern cultivars
(18)PnMADS1, encoding an StMADS11-clade protein, acts as a repressor of flowering in Pharbitis nil
(19)Molecular and functional characterization of PEBP genes in barley (Hordeum vulgare L.) reveal the diversification of their roles in flowering
(20)Transgenic rice plants expressing human P450 genes involved in xenobiotic metabolism for phytoremediation
(21)Localization of anchor loci representing five hundred annotated rice genes to wheat chromosomes using PLUG markers
(22)Various spatiotemporal expression profiles of anther-expressed genes in rice
(23)Arbuscular mycorrhiza specific signaling in rice transcends the common symbiosis signaling pathway
(24)Divergence of evolutionary ways among common sym genes: CASTOR and CCaMK show functional conservation between two symbiosis systems and constitute the root of a common signaling pathway
(25)Mapping of the eibi1 gene responsible for the drought hypersensitive cuticle in wild barley (Hordeum spontaneum)
(26)OsRecQ1, a QDE-3 homologue in rice, is required for RNA silencing induced by particle bombardment with inverted repeat DNA, but not with double-stranded RNA
(27)Integrated transcriptomics, proteomics, and metabolomics analyses to survey ozone responses in the leaves of rice seedling
(28)Characterization of pullulanase (PUL)-deficient mutants of rice (Oryza sativa L.) and the function of PUL on starch biosynthesis in the developing rice endosperm
(29)Multiple traits QTL for Fusarium headblight resistance on the wheat chromosome 2DS, QFhs.kibr-2DS, and its relationship with plant height
(30)Transcriptome analysis of the silicon-Magnaporthe grisea interaction
(31)Role of OsRecQ1, QDE-3 homologue in rice, in RNA silencing by particle bombardment with inverted repeat DNA; an implication of processing inverted repeat DNA to allow for transcription
(32)Relationship between plant height and Fusarium head blight resistance for the QTL on the wheat chromosome 2DS, QFhs.kibr-2DS
(33)The mitochondrial DNA region for the CMS gene, orf125, of Kosena CMS rapeseed comes from the intermolecular recombination
(34)Activation of transposable elements for mutation induction
(35)Defense signaling in rice mediated by protein kinase cascades
(36)Development of a short-read analysis pipeline for massive parallel sequencing techniques and comparative transcriptome analyses of wild and cultivated rice species
(37)Functional analyses of HvFT1 and HvFT2 genes in barley (Hordeum vulgare L.)
(38)The floral integrator WFT in wheat: expression profiles of three homoeologous genes
(39)Characterization of ABA sensitivity mutants altered abiotic stress tolerance in common wheat
(40)A mutant homeobox gene created six-rowed spike in barley domestication
(41)Construction and end-sequence of full-length cDNA clones from a malting barley :towards understanding of barley transcriptome
(42)A sample view of Musa genome sequence from BAC sequence and annotation
(43)Tos17 insertion lines as a tool for functional analysis of rice genes
(44)Large scale flanking sequence analysis of rice Tos17 insertion lines
(45)How can we elucidate the structure of rRNA gene units inside the NOR
(46)Characterization of chromosome ends on the basis of the structure of TrsA subtelomeric repeats in rice (Oryza sativa L.)
(47)Copy number of the CMS gene, orf125, of Kosena CMS rapeseed is down-regulated by a nuclear gene, Fr
(48)Physical contig towards positional cloning of barley brittle rachis genes (Btr1 and Btr2)
(49)A quantitative trait locus for reduced culm internode length in barley segregates as a Mendelian gene
(50)Understanding the rice plant as an assemblage of genetic code
(51)Map-Based Cloning of The Cleistogamy Locus
(52)Genome diversity of Hd3a-RFT1 region within the genus Oryza
(53)IRGSPによるイネゲノム新規アセンブルNipponbare Pseudomolecule Build 5の構築
(54)減数分裂特異的組換えタンパク質イネDMC1の精製と生化学的機能解析
(55)コムギWFTにおける同祖遺伝子間の発現解析
(56)ライグラス品種 ・ 系統内における乾物率の変異に関する要因解析
(57)次世代シーケンサーを用いたイネ培養細胞ソマクローナルバリエーションの解析
(58)次世代シーケンサーを用いたミュータントパネル系統の解析
(59)イネTos17 変異株を用いたジャスモン酸応答性転写因子RERJ1の機能解析
(60)イネの塩ストレス耐性に関与するRSS3の解析
(61)ソルガム 「F6-3A-5×74LH3213」 集団において (932233)A との組合せで極晩生になる遺伝的要因
(62)栽培及び近縁野生種イネにおける粒形と粒数関連遺伝子領域の塩基配列比較
(63)イネ-イネFOX Hunting系:イネ完全長cDNA過剰発現イネの機能獲得型表現形質に基づく遺伝子の包括的機能解析
(64)単子葉植物に特異的なイネの環境ストレス耐性遺伝子RSS1の機能解析
(65)イネの環境ストレス耐性に関わる単子葉植物特異的遺伝子RSS1の解析
(66)パンコムギ幼苗におけるABA感受性に関わるQTL解析
(67)Ptila interacting kinase1(Pik1)はROSシグナルを介して耐病性を正に制御する因子である
(68)イネにおけるセルロース合成酔素と低分子量Gタンパク賢OsRac5との相互作用は防御シグナル伝達に関与する
(69)病害応答に関与する低分子量Gタンパク質OsRac5と相互作用する因子の探索
(70)白葉枯病圃場抵抗性関連遺伝子xc20の単離及び解析
(71)パンコムギにおけるα/βグリアジン遺伝子多重遺伝子族の発現と存在様式
(72)アセトアニリド系除草剤によりアントシアニン蓄積を誘導するCYP72A21プロモーターを用いた形質転換イネ
(73)イネジャポニカ栽培化過程におけるSemidwarf1の人為選抜の検証
(74)イネのクラスG MADS-box遺伝子MFO1と他のクラスのMADS-box遺伝子との相互作用
(75)新規イネジベレリン2-酸化酵素OsGA2ox7の遺伝子発現部位とその基質特異性の解析
(76)イネ科アポミクシス性ギニアグラスの自家不和合性のメカニズム
(77)効率的な遺伝子機能解明のためのイネ転写因子cDNA過剰発現イネ系統作出系の開発
(78)活性なイネ新規DNAトランスポゾンnArdtとその自律性因子の解析
(79)変異型ALS遺伝子を選抜マーカーとした新規植物形質転換用ベクターの開発
(80)ソルガム×スーダングラスのF2集団における再生性の評価
(81)ソルガムにおけるゲノムワイドSSRマーカーの開発
(82)ソルガム x スーダングラス集団を用いた再生性 のQTL解析
(83)cDNA過剰発現イネを用いたイネ転写因子の効率的機能解明系の開発
(84)減数分裂への移行に必須であるイネ遺伝子の単離と機能解析
(85)イネ培養細胞の感染防御応答に伴うCa2+動員制御機構の解析
(86)A single Banana streak virus integration event in the banana genome as the origin of infectious endogenous pararetrovirus
(87)Pikm特異的イネいもち病抵抗性の付与には2つのNBS-LRR遺伝子が必要である
(88)Two adjacent nucleotide-binding site-leucine-rich repeat class genes are required to confer Pikm-specific rice blast resistance
(89)A bacterial-type ABC transporter is involved in aluminum tolerance in rice
(90)Reply to “Japonica rice carried to, not from, Southeast Asia”
(91)Deletion in a gene associated with grain size increased yields during rice domestication
(92)Transposition of a 600 thousand-year-old LTR retrotransposon in the model legume Lotus japonicus
(93)穂の形態および赤かび病抵抗性の識別方法とその利用による麦類植物の改良方法
(94)コメの粒幅を大きくしたDNA変異の同定とイネ栽培化における役割の解明
パーマリンクhttps://agriknowledge.affrc.go.jp/RN/3030093457
収録データベース研究課題データベース

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