(1)多様性研究によるイネ遺伝資源の高度化と利用

(1)多様性研究によるイネ遺伝資源の高度化と利用

課題番号2009013979
研究機関名農業生物資源研究所
研究期間2006-2010
年度2009
大課題該当なし
中課題(1)多様性研究によるイネ遺伝資源の高度化と利用
小課題(1)多様性研究によるイネ遺伝資源の高度化と利用
大項目第2 国民に対して提供するサービスその他の業務の質の向上に関する目標を達成するためとるべき措置
中項目1.試験及び研究並びに調査
摘要1.多様な世界の品種に利用可能なSNPを2,935種類同定した。日本型品種については、異なる品種の解析から染色体上の偏りの少ない新規SNPを検出し、総計3,019種類のSNPを同定した。2.コシヒカリ/はやまさり//コシヒカリから由来する戻し交雑自殖固定系統群(BIL)を完成させた。コシヒカリとIR64の背景を入れ替えた染色体断片置換系統群(CSSL)、コシヒカリとLAC23 及びコシヒカリとオワリハタモチのCSSL を完成させた。3.出穂期に関与する遺伝子Hd16を含む日本晴ゲノム断片の形質転換体の解析から、候補遺伝子がHd16であることを証明した。Hd16とHd2の間には遺伝的な相互作用が存在することを明らかにした。4.いもち病抵抗性遺伝子座Pi21では、日本陸稲を中心とするごく一部の品種 が保有する対立遺伝子のみが抵抗性を示したいもち病罹病性に関するqBS9の候補ゲノム領域を114kbに限定した。5.食味低下を引き起こす遺伝子との連鎖を解消して、陸稲由来のいもち病抵抗性遺伝子pi21をコシヒカリに導入した中部125号を登録出願した。6.イネ近縁野生種を利用して、4種類の新規穂発芽耐性QTLを見いだした。穂発芽耐性QTL, Sdr6の候補領域を約2.2Mbに限定した。コシヒカリの第3染色体の穂発芽耐性QTL領域を約277kbに絞り込み、その原因遺伝子が、低温発芽性遺伝子qLTG3-1である可能性を示した。7.良食味に関与するQTLの候補ゲノム領域の限定のための組換え固定系統を101個体選抜した。QTLの候補領域内で欠失又は非同義置換を持つ遺伝子のうち登熟期間に発現する9遺伝子を同定した。8.葉面温度については、第9染色体及び第11染色体のQTLについて昨年度の結果と一致するQTLを見いだした。葉面傾斜角度について第4及び第5染色体に正逆BIL集団で共通にQTLを検出した。葉色及び光合成速度を増加させるQTLを165kbに絞り込んだ。9.イネQTL・遺伝子情報のデータベース化を行い、表形式で表示するとともにゲノム上に可視化するQ-TARO (QTL Annotation Rice Online) databaseを構築した。
研究分担(独)農業生物資源研究所,基盤研究領域,QTLゲノム育種研究センター
(独)農業生物資源研究所,基盤研究領域,QTLゲノム育種研究センター
(独)農業生物資源研究所,基盤研究領域,QTLゲノム育種研究センター
(独)農業生物資源研究所,基盤研究領域,QTLゲノム育種研究センター
(独)農業生物資源研究所,基盤研究領域,QTLゲノム育種研究センター
(独)農業生物資源研究所,基盤研究領域,QTLゲノム育種研究センター
(独)農業生物資源研究所,基盤研究領域,QTLゲノム育種研究センター
(独)農業生物資源研究所,基盤研究領域,QTLゲノム育種研究センター
(独)農業生物資源研究所,基盤研究領域,QTLゲノム育種研究センター
(独)農業生物資源研究所,基盤研究領域,QTLゲノム育種研究センター
(独)農業生物資源研究所,基盤研究領域,QTLゲノム育種研究センター
(独)農業生物資源研究所,基盤研究領域,QTLゲノム育種研究センター
協力分担関係国立大学法人名古屋大学
独立行政法人農業・食品産業技術総合研究機構
国立大学法人東京農工大学
北海道
ホクレン農業協同組合連合会
富山県
福井県
国立大学法人筑波大学
福岡県農業総合試験場
石川県
予算区分技会交付金研究 委託・バイテク先端技術[新農業展開ゲノムプロ] 技会・その他 文科省[科研費]
業績(1)カドミウム汚染水田を修復するファイトレメディエーション用イネ品種の育成カドミウム吸収に関わる遺伝解析
(2)Comparative sequence analyses of the major quantitative trait locus phosphorus uptake 1 (Pup1) reveal a complex genetic structure
(3)Advances in the integration of genomics into rice breeding
(4)Loss of function of a proline-containing protein confers durable disease resistance in rice
(5)Development of introgression lines of an Indica-type rice variety, IR64, for unique agronomic traits and detection of the responsible chromosomal regions
(6)Integration of genomics into breeding in rice
(7)Uncovering of naturally occurring variations among closely related cultivars in rice
(8)Association study in Japanese rice population
(9)コシヒカリを構成する在来品種由来の系譜ハプロタイプの解析とその現代栽培イネ品種への伝達
(10)イネいもち病圃場抵抗性遺伝子pi21の単離同定
(11)Application of a high-density linkage map based on an SNP genotyping array to genetic analysis in Japanese rice cultivars
(12)A novel photoperiod sensitivity QTL, HD16, conferring adaptability to wide cultivation area in rice
(13)Detection of quantitative trait loci that control QTLs controlling pre-harvest sprouting resistance using backcrossed populations of japonica rice cultivars
(14)Analysis of quantitative trait loci for differences in leaf temperature and water uptake rates in rice
(15)Physiological and genetic studies of natural variations in tolerance of photoinhibition in rice
(16)SNPアレイを用いて推定した日本の超多収イネ品種群のゲノム構成
(17)QTL mapping and profiling of genes associated to seedling vigor under submergence stress of developing rice seedlings
(18)Map-Based cloning and functional analysis of Sdr4, a quantitative trait locus controlling seed dormancy in rice
(19)Identification of a quantitative trait locus for carbon isotope discrimination and its function as increasing stomatal conductance in Japonica rice
(20)Detection of a quantitative trait locus controlling SPAD value and its association to leaf photosynthesis in rice
(21)Identification of a novel QTL for shoot Cd accumulation in rice
(22)A quantitative trait locus determining root stele size on rice chromosome 9
(23)Visualization of pedigree haplotypes in Japanese rice cultivars by genome-wide genotyping of single-nucleotide polymorphisms
(24)Fine definition of the pedigree haplotypes based on a high-throughput genome-wide SNPs typing in rice
(25)Map-based cloning and molecular breeding of pi21, a non-race specific resistant gene to blast
(26)植物の感光性遺伝子Hd5およびその利用
(27)出穂期関連遺伝子Hd1とEhd1は独立に作用するか?
(28)Genomics based enhancement of rice germplasm and its integration to breeding
(29)リーフスターとタカナリの交雑後代を用いた水稲の極強稈形質に関する量的形質遺伝子座の解析
(30)Q-TARO: QTL annotation rice online database
(31)赤外線サーモグラフィーを用いたイネの葉面温度差に関するQTL解析
(32)水稲多収性品種アケノホシ/タカナリ交雑後代系統における光合成および受光態勢の特性
(33)イネの葉身SPAD値に関するQTLのファインマッピングおよびその個葉光合成への寄与
(34)籾数に関与するハバタキのQTLを集積したササニシキの収量性評価
(35)登熟期における水稲葉身傾斜角度の量的形質遺伝子座(QTL)解析-コシヒカリ/タカナリの戻し交雑自殖(BC1F6)系統群を用いて
(36)日本稲の多様性解析コアSNPの選定
(37)半矮性と穂あたり穎花数の増加をもたらすイネDENSE PANICLE 1遺伝子の解析
(38)コシヒカリ/タカナリの戻し交雑自殖(BC1F6)系統群を用いた光合成速度に関わる形質の量的形質遺伝子座(QTL)解析
(39)イネ表現型データベースの構築と利用ツールの作成 (2)代表的QTL・遺伝子の位置関係
(40)コシヒカリと日本晴の染色体断片置換系統群から見出された穂発芽耐性QTL
(41)コシヒカリの第3染色体短腕の良食味QTLにおけるゲノム情報を活用した置換系統群の作出
(42)水稲品種コシヒカリと日本晴の染色体断片置換系統群の作出
(43)水稲の登熟期における葉の緑色程度,根から地上部への窒素輸送速度および根の水伝導度のQTL解析-コシヒカリ/アケノホシF4集団を用いて-
(44)The role of casein kinase II in flowering time regulation has diversified during evolution
(45)Molecular cloning of Sdr4, a regulator involved in seed dormancy and domestication of rice
(46)Canopy temperature on clear and cloudy days can be used to estimate varietal differences in stomatal conductance in rice
(47)Identification of a novel major quantitative trait locus controlling distribution of Cd between roots and shoots in rice Plant and Cell
(48)Comparative mapping of QTLs determining glume, pistil and stamen sizes in cultivated rice (Oryza sativa L.)
(49)A Conserved mechanism of bract suppression in the grass family
(50)A zinc finger transcription factor ART1 regulates multiple genes implicated in aluminum tolerance in rice
(51)Correlation exploration of metabolic and genomic diversities in rice
(52)Isolation and functional analysis of the gene controlling the stub-spreading trait in rice (Oryza sativa L.)
(53)Genome-wide association study of grain shape variation among Oryza sativa L. germplasms based on elliptic Fourier analysis
(54)A major quantitative trait locus for increasing cadmium-specific concentration in rice grain is located on the short arm of chromosome 7
(55)A novel quantitative trait locus, qCL1, involved in semi-dwarfism derived from Japanese rice cultivar
(56)Detection of quantitative trait loci controlling pre-harvest sprouting resistance by using backcrossed populations of japonica rice cultivars
パーマリンクhttps://agriknowledge.affrc.go.jp/RN/3030093699
収録データベース研究課題データベース

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