(2)イネ及びイネ科作物のゲノムリソースの開発と利用

(2)イネ及びイネ科作物のゲノムリソースの開発と利用

課題番号2009013980
研究機関名農業生物資源研究所
研究期間2006-2010
年度2009
大課題該当なし
中課題(2)イネ及びイネ科作物のゲノムリソースの開発と利用
小課題(2)イネ及びイネ科作物のゲノムリソースの開発と利用
大項目第2 国民に対して提供するサービスその他の業務の質の向上に関する目標を達成するためとるべき措置
中項目1.試験及び研究並びに調査
摘要1.植物ウイルスの感染時における転写状態の変化をマイクロアレイによって調査した結果、病徴の激しいウイルス感染時は転写量の変化が大きかった。2.次世代シーケンサーによって大量に産出される、遺伝子の領域に由来する36塩基からなる短いDNA配列を1億2千万個イネゲノムにマップしたところ約80%がイネゲノム上にマップされ、各遺伝子毎にマップされた頻度(発現量)についてもマイクロアレイの実験と高い相関を示した。3.インド型栽培イネ「カサラス」の第8染色体セントロメアの配列(約2.3Mb)を解読した結果、イネのセントロメアは構造の変異に対して大きな柔軟性を持つことが示された。4.植物ドメインデータベースSALADを更新し、さらに遺伝子発現データとリンクさせたSALAD on ARRAYsを公開し、多くのユーザーから月1,000件を超える利用がある。5.オオムギの穂の開花・閉花を決める遺伝子(cly1閉花性遺伝子)を単離し、アラビドプシスAP2のオルソログ遺伝子HvAP2であることが明らかになった。また閉花性表現型を示す原因は1塩基置換に由来していた。6.ソルガムのSSRマーカーについては公開しており、また国内研究者の利便性を考慮して新規なマーカー候補を作成する支援を行っている。7.研究リソースの分譲に関しては、Tos17変異系統143件(866系統)、イネ完全長cDNA 301件 (1,942クローン)及び遺伝解析20件(789系統)のリクエストがあり適切に配布した。8.マイクロアレイ解析支援のオープンラボは、年間を通して利用者があり順調に稼働している。平成21年度の利用者は、174名であった。9.イネ遺伝子の発現プロファイル作成は、主に植物ホルモン(GA, ABA, IAA, BR, CK)応答遺伝子群の発現プロファイルを実施した。これまでに得られたアレイデータを元に、遺伝子発現データベース(RiceXPro)と共発現解析データベース(RiceFREND)のプロトタイプを作成した。
研究分担(独)農業生物資源研究所,基盤研究領域,植物ゲノム研究ユニット
(独)農業生物資源研究所,基盤研究領域,植物ゲノム研究ユニット
(独)農業生物資源研究所,基盤研究領域,植物ゲノム研究ユニット
(独)農業生物資源研究所,基盤研究領域,植物ゲノム研究ユニット
(独)農業生物資源研究所,基盤研究領域,植物ゲノム研究ユニット
(独)農業生物資源研究所,基盤研究領域,植物ゲノム研究ユニット
(独)農業生物資源研究所,基盤研究領域,植物ゲノム研究ユニット
(独)農業生物資源研究所,基盤研究領域,植物ゲノム研究ユニット
(独)農業生物資源研究所,基盤研究領域,植物ゲノム研究ユニット
(独)農業生物資源研究所,基盤研究領域,ゲノムリソースセンター
(独)農業生物資源研究所,基盤研究領域,ゲノムリソースセンター
(独)農業生物資源研究所,基盤研究領域,ゲノムリソースセンター
(独)農業生物資源研究所,基盤研究領域,ゲノムリソースセンター
(独)農業生物資源研究所,基盤研究領域,ゲノムリソースセンター
(独)農業生物資源研究所,基盤研究領域,ゲノムリソースセンター
協力分担関係社団法人農林水産先端技術産業振興センター
国立大学法人名古屋大学
独立行政法人産業技術総合研究所
株式会社グリーンソニア
独立行政法人農業・食品産業技術総合研究機構
京都府公立大学法人
ホクレン農業協同組合連合会
公立大学法人福井県立大学
国立大学法人神戸大学
公立大学法人横浜市立大学
予算区分技会交付金研究 イノベーション創出事業 委託・バイテク先端技術[新農業展開ゲノムプロ] 委託・その他プロ 文科省[科研費] その他
業績(1)Evolutionary history of GS3, a gene conferring grain size in rice
(2)イネ葉中デンプン過剰蓄積変異体の選抜とその生理特性の解析
(3)cDNA過剰発現イネの表現型に基づくイネ転写因子の網羅的機能解析
(4)ソルガムにおける乾汁性遺伝子のマッピング
(5)次世代シーケンサーを用いた種属間比較トランスクリプトーム解析
(6)ソルガム×スーダングラスの F2 集団における再生性の評価
(7)Fr遺伝子による稔性回復個体においてCMS遺伝子orf125はサブリモンとして存在する
(8)2倍体メドウフェスクと4倍体ペレニアルライグラスとの3倍体F1雑種戻し交雑後代における倍数性と染色体移入領域の推定
(9)コムギのマイコトキシン低蓄積性QTL候補遺伝子のマッピング
(10)イネの種子長に関与する遺伝子座GS3の多様性
(11)ナタネにおけるミトコンドリアプラスミドの父性遺伝におけるQTL解析
(12)ナタネにおけるミトコンドリアプラスミドの父性遺伝制御遺伝子同定に向けた連鎖地図の作成
(13)ソルガム類の輸入品種における踏圧耐性の評価
(14)パンコムギのゲノムにおけるα/βグリアジン多重遺伝子の重複と分化
(15)突然変異を利用したイネの白葉枯病圃場抵抗性関連するXC20遺伝の単離と機能解析
(16)高速シーケンサーによる全mRNAの配列決定と遺伝子予測
(17)超高速シーケンサーを活用したイネのトランスクリプトーム解析
(18)イネ花粉突然変異体Tos0445の単離と解析
(19)パンコムギ組換え近交系統を用いた連鎖地図の作成と出穂・開花および稈長に関与するQTL解析
(20)パンコムギ幼苗におけるABA感受性QTLとABA応答性遺伝子発現との関係
(21)イネのRSS1は塩ストレス条件下でのメリステム活性の維持に必要である
(22)イネ変異型アセト乳酸合成酵素遺伝子を選抜マーカー遺伝子として用いた効率的なオオムギの形質転換
(23)ソルガム×スーダングラスのF2集団における再生性の評価
(24)栽培種及び近縁野生種イネ集団を用いたイネ収量性関連遺伝子領域における塩基配列の多様性及びハプロタイプ解析
(25)コムギ赤かび病抵抗性育種への遺伝子およびゲノム情報の利用
(26)イネ転写因子キメラリプレッサー発現系統におけるリグニン解析手法の開発
(27)イネの生育過程における遺伝子発現アトラス作成
(28)ナタネにおける核遺伝子FrによるコセナCMS遺伝子orf125の消失を伴う稔性回復
(29)イネ出穂期及び収量性に関連する機能遺伝子領域のゲノム動態から分かること
(30)イネソマクローナルバリエーションの全ゲノム塩基配列解析・新たな変異リソース
(31)次世代シーケンサーを用いたイネミュータントパネル系統のソマクローナルバリエーションの解析
(32)マイコトキシン低蓄積性に関するコムギおよび赤かび病菌の遺伝子発現解析
(33)コムギのマイコトキシン低蓄積性に関わるQTLとMRP遺伝子の関係
(34)HWC2におけるイネ雑種弱勢誘導原因変異の探索
(35)不良環境下における浮イネの環境適応性の遺伝子解析
(36)Selective impact on the genomic region of sh4 gene during rice domestication
(37)Analysis of a nuclear factor RSS3, involved in root growth and salt tolerance in rice
(38)Rice as a model for Triticeae genome analysis
(39)RSS1, a novel rice gene required to ensure cell cycle progression under salinity
(40)Genetic variability of MRP gene constituting ‘Qfhs.kibr-2DS’ QTL to reduce Fusarium mycotoxin accumulation among hexaploid wheats
(41)Application of mRNA sequencing by next-generation sequencer for gene expression profiling in rice (Oryza sativa L.)
(42)Analysis of somaclonal variation of regenerated rice by next generation sequencing
(43)Analysis of somaclonal variation of rice mutant panel by next generation sequencing
(44)Analysis of somaclonal variation of regenerated rice by next generation sequencing
(45)Functional diversification of barley FT-like genes in flowering
(46)The flowering pathway under short day in barley
(47)Domestication process of Asian cultivated rice: evidence from the origin and spreading of non-shattering allele sh4
(48)A soil surface rooting mutant is deficient in gravitropism of primary roots in rice
(49)Interaction of cellulose synthase, OsCesA8, and small G-protein, OsRac5, is involved in defense signaling in rice
(50)Cloning and expression analysis of WRKY45 gene in wheat
(51)イネの組織・器官別遺伝子発現プロファイル
(52)Application possibility of CAF-1 mutant for gene targeting in rice
(53)Molecular cloning of Sdr4, a regulator involved in seed dormancy and domestication of rice
(54)A zinc finger transcription factor ART1 regulates multiple genes implicated in aluminum tolerance in rice
(55)SSD1, which encodes a plant-specific novel protein, controls plant elongation by regulating cell division in rice
(56)Haplotype diversity and molecular evolution of the rice Pikm locus for blast resistance
(57)Characterization of WRKY co-regulatory networks in rice and Arabidopsis
(58)Differential gene expression of rice in response to silicon and rice blast fungus Magnaporthe oryzae
(59)Genetic targeting of candidate genes for drought sensitive gene eibi1 of wild barley (Hordeum spontaneum)
(60)Analysis of rice RNA-dependent RNA polymerase 1 (OsRDR1) in virus-mediated RNA silencing after particle bombardment
(61)Identification of QTLs controlling somatic embryogenesis using RI population of cultivar × weedy soybean
(62)Suppression of two tungro viruses in rice by separable traits originating from cultivar Utri Merah
(63)TILLING in the two-rowed barley cultivar ‘Barke’ reveals preferred sites of functional diversity in the gene HvHox1
(64)The ethylene response factors SNORKEL1 and SNORKEL2 allow rice to adapt to deep water
(65)Molecular phylogeny of the genus Hordeum using thioredoxin-like gene sequences
(66)Genetic analysis of seed-specific gene expression for pigmentation in colored rice
(67)PANICLE PHYTOMER2 (PAP2), encoding a SEPALLATA subfamily MADS-box protein, positively controls spikelet meristem identity in rice
(68)Evolutionary process of Hordeum brachyantherum 6x and related tetraploid species revealed by nuclear DNA sequences
(69)Fine mapping of HWC2, a complementary hybrid weakness gene, and haplotype analysis around the locus in rice
(70)Single nucleotide polymorphisms in a gene for translation initiation factor (eIF4G) of rice (Oryza sativa) associated with resistance to Rice tungro spherical virus
(71)A recessive mutation in rice conferring non-race-specific resistance to bacterial blight and blast
(72)Omic analyses unravels global molecular changes in the brain and liver of a rat model for chronic Sake (Japanese alcoholic beverage) intake
(73)Expression patterns of cell wall-modifying genes from banana during fruit ripening and in relationship with finger drop
(74)SALAD database: a motif-based database of protein annotations for plant comparative genomics
(75)Characterization of 2159 unmapped full-length cDNA sequences of Oryza sativa L. ssp. japonica ‘Nipponbare’
(76)Cleistogamous flowering in barley arises from the suppression of microRNA-guided HvAP2 mRNA cleavage
(77)Ectopic overexpression of the transcription factor OsGLK1 induces chloroplast development in non-green rice cells
(78)Aegilops section Sitopsis species contains the introgressive PolA1 gene with a closer relationship to that of Hordeum than Triticum Aegilops species
(79)MOSAIC FLORAL ORGANS1, an AGL6-like MADS box gene, regulates floral organ identity and meristem fate in rice
(80)Stress response versus stress tolerance: A transcriptome analysis of two rice lines contrasting in tolerance to phosphorus deficiency
(81)Allelic variation of row type gene Vrs1 in barley and implication of the functional divergence
(82)A Bioinformatics resource for crop functional genomics: GFSelector module in automated annotation system, RiceGAAS
(83)Duplication of a well-conserved homeodomain-leucine zipper transcription factor gene in barley generates a copy with more specific functions
(84)Genetic analysis of seed dormancy QTL in barley
(85)Selective modification of rice (Oryza sativa) gene expression by rice stripe virus infection
(86)A rice tryptophan deficient dwarf mutant, tdd1, contains a reduced level of indole acetic acid and develops abnormal flowers and organless embryos
(87)Conversion of barley SNPs into PCR-based markers using dCAPS method
(88)Mapping of QTL for intermedium spike on barley chromosome 4H using EST-based markers
(89)A method for obtaining high quality RNA from paraffin sections of plant tissues by laser microdissection
(90)Analysis of DNA sequence polymorphism at the cMWG699 locus reveals phylogenetic relationships and allopolyploidy within Hordeum murinum subspecies
(91)Isolation and mapping of three rice mutants that showed ectopic expression of KNOX genes in leaves
(92)An inverted and micro-colinear genomic regions of rice and barley carrying the cly1 gene for cleistogamy
(93)Comparative analysis of complete orthologous centromeres from two subspecies of rice reveals rapid variation of centromere organization and structure
(94)Mitochondrial gene in the nuclear genome induces reproductive barrier in rice
(95)Gain of deleterious function causes an autoimmune response and Bateson Dobzhansky Muller incompatibility in rice
(96)Development of genome-wide simple sequence repeat markers using whole-genome shotgun sequences of sorghum (Sorghum bicolor (L.) Moench)
(97)穂の形態および赤かび病抵抗性の識別方法とその利用による麦類植物の改良方法
(98)小穂非脱落性遺伝子等についての新規遺伝マーカーおよびその利用法
パーマリンクhttps://agriknowledge.affrc.go.jp/RN/3030093700
収録データベース研究課題データベース

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