（６）種間比較解析に向けたバイオインフォマティクス研究基盤の確立
（６）種間比較解析に向けたバイオインフォマティクス研究基盤の確立
| 課題番号 | 2009013984 | ||
|---|---|---|---|
| 研究機関名 | 農業生物資源研究所 | ||
| 研究期間 | 2006-2010 | ||
| 年度 | 2009 | ||
| 大課題 | 該当なし | ||
| 中課題 | （６）種間比較解析に向けたバイオインフォマティクス研究基盤の確立 | ||
| 小課題 | （６）種間比較解析に向けたバイオインフォマティクス研究基盤の確立 | ||
| 大項目 | 第２ 国民に対して提供するサービスその他の業務の質の向上に関する目標を達成するためとるべき措置 | ||
| 中項目 | １．試験及び研究並びに調査 | ||
| 摘要 | １．高精度に遺伝子構造を予測すると同時にタンパク質をコードしていると思われる領域（ORF）の機能予測を行うシステムを作成した。塩基配列決定が高速化していることから、一般ユーザーを対象として、任意の大規模配列に対して配列の自動アノテーションを実行できるシステムの開発を行った。２．イネゲノム塩基配列の国際コンソーシアムであるIRGSPより新しいゲノム配列（build 5）が公開されたことに対応して、イネゲノムのアノテーションデータベース（RAP-DB）においてバージョンアップを行った。上記アノテーションシステムの利用に加えて、種間ゲノムアラインメントを作成し、日本晴以外のゲノムとの比較をしながら情報を取得できるようにした。また、データベースにおいても検索機能の速度と利便性の向上を図った。個々の遺伝子のアノテーションについて文献情報の精査を行い、現在までに200件程度の記載を改訂できている。３．次世代シーケンサーから生産される大量の断片配列を解析するため、昨年度開発したパイプラインを用いて、イネの葉及び根由来の転写産物を大規模解析した。この結果、現在のRAP-DBには登録されていない約1,500の新規遺伝子候補領域を特定した。このような新規領域については今後、RAP-DBからの公開を目指す。４．ジャポニカの日本晴、インディカのGuang-lu-ai4と93-11の３品種間について、6,452ヶ所のオーソロガスな転写領域の塩基配列マルチプルアラインメントを作成した。ジャポニカ-インディカ間で異なる塩基置換を19,924ヶ所、Guang-lu-ai4特異的な置換を9,177ヶ所、93-11特異的な置換を5,450ヶ所推定した。５．動物においては特定の条件で発現しているレトロコピーが知られており、一部は重要な機能を有することも明らかにされている。イネでも同様に重要な機能を担っていると期待されることから、イネゲノム上で予測された一部のレトロコピーについて発現解析を行い、実際に親遺伝子とは異なる発現パターンを示すものが見つかった。次世代シーケンサーでの発現解析により、効率よく発現が確認されると期待されることから、今後は次世代シーケンサーを主に活用してレトロコピーの発現解析を進める予定である。 | ||
| 研究分担 | （独）農業生物資源研究所,基盤研究領域,ゲノム情報研究ユニット （独）農業生物資源研究所,基盤研究領域,ゲノム情報研究ユニット （独）農業生物資源研究所,基盤研究領域,ゲノム情報研究ユニット （独）農業生物資源研究所,基盤研究領域,ゲノム情報研究ユニット （独）農業生物資源研究所,基盤研究領域,ゲノム情報研究ユニット （独）農業生物資源研究所,基盤研究領域,ゲノム情報研究ユニット | ||
| 予算区分 | 技会交付金研究 委託・バイテク先端技術［新農業展開ゲノムプロ］ 文科省［科研費］ | ||
| 業績 | (1)イネアノテーション計画データベース(RAP-DB) (2)Plant gene identification based on cross-species mapping of full-length cDNAs (3)Development of an effective cross-species mapping system of rice cDNAs to the wheat genome (4)The Rice Annotation Project Database (RAP-DB): IRGSP/RAP build 5 annotation (5)A short-read analysis pipeline for rice mRNA-seq data under abiotic stress (6)Wheat Chromosome 3B: annotation of 1Gb of sequences with the Triannot pipeline for agronomic applications (7)The Rice Annotation Project Database (RAP-DB) (8)Improvements to the RAP-DB Rice Genome Annotation: (9)The Rice Annotation Project Database (RAP-DB) (10)解けない分子系統樹を決める〜近縁種系統関係推定への挑戦 (11)なくなった遺伝子を復元する〜イネ栽培化過程の分子進化 (12)次世代シーケンサーを活用したイネトランスクリプトーム解析パイプラインの開発 (13)蛋白質インターフェースに関する新規な記述子 (14)Towards annotating Triticeae genomes by cross-species cDNA mapping (15)IRGSP/RAP build 5アノテーションとRAP-DB新規機能 (16)G-compass: A web-based comparative genome browser between human and other vertebrate genomes (17)Transduction of RNA-directed DNA methylation signals to repressive histone marks in Arabidopsis thaliana (18)Massive gene losses in Asian cultivated rice unveiled by comparative genome analysis (19)SALAD database: a motif-based database of protein annotations for plant comparative genomics (20)Characterization of 2159 unmapped full-length cDNA sequences of Oryza sativa L. ssp. japonica ‘Nipponbare’ | ||
| パーマリンク | https://agriknowledge.affrc.go.jp/RN/3030093704 | ||
| 収録データベース | 研究課題データベース | ||