イネ自然変異利用のためのSNP検出とアソシエーション解析基盤の整備

イネ自然変異利用のためのSNP検出とアソシエーション解析基盤の整備

課題番号2010017041
研究機関名農業生物資源研究所,神戸大学
研究期間2008-2012
年度2010
小課題イネ自然変異利用のためのSNP検出とアソシエーション解析基盤の整備
摘要イネのアソシエーション解析実現のための基盤整備として、SNPのバリデーションを行い、今年度はゴールデンゲイト法で2688個、アフィメトリクスのSNPアレイで40K個のSNPを評価した。昨年度までに評価したSNPから世界品種用および日本品種用にコアSNPセット(各768個)を選定し、SNP利用の基盤とした。また、より多様な形質変異をカバーするための素材である拡大版コアコレクションをSNP情報に基づいて選んだ。アソシエーション解析に関しては、多様な品種の組み合わせで行った場合と、個別の品種群で解析した場合とで適用度合いは異なるが、量的形質の形質変異に関連する領域を特定する手法としては、有効性が低いものの、遺伝的背景が似通った日本品種においては解析の可能性が残された。
予算区分委託・先端技術[新農業展開ゲノムプロ]
業績(1)Variation in domesticated rice inflorescence architecture revealed by principal component analysis and quantitative trait locus analysis.
(2)「コシヒカリ」の全ゲノム塩基配列解読
(3)Genetic structure revealed by a whole-genome single-nucleotide polymorphism survey of diverse accessions of cultivated Asian rice (Oryza sativa L.)
(4)Fine definition of the pedigree haplotypes of closely related rice cultivars by means of genome-wide discovery of single-nucleotide polymorphisms
(5)Core single-nucleotide polymorphisms-a tool for genetic analysis of the Japanese rice population
パーマリンクhttps://agriknowledge.affrc.go.jp/RN/3030164426
収録データベース研究課題データベース

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