比較ゲノム解析による遺伝子機能マイニングツールの開発と整備

比較ゲノム解析による遺伝子機能マイニングツールの開発と整備

課題番号2009014739
研究機関名独立行政法人農業生物資源研究所
研究期間2008-2012
年度2009
小課題比較ゲノム解析による遺伝子機能マイニングツールの開発と整備
摘要今年度は、SALAD database、ver. 2 (7生物種、168,869配列)、ver. 3 (10生物種、250,687配列)のデータをweb上にて公開した (論文発表済み)。現状で、日本のユーザーから月に千件をこえるアクセスを確保している。論文発表後は海外からのアクセスも増えている。「ツール」開発においては、今年度は、新開発のマイクロアレイデータ閲覧ビュワー""SALAD on ARRAYs""ではの機能増強を行い、多くの既存マイクロアレイデータ(AtGenExpressやRiceXproなど)の表示を可能にした。現在、すべてのアミノ酸配列を同じ保存モチーフで記述する手法の開発を進めている。これが可能になれば、「解析ツール」としての汎用性が格段に増すと期待できる。
予算区分委託・バイテク先端技術[新農業展開ゲノムプロ]
業績(1)SALAD database: a motif-based database of protein annotations for plant comparative genomics
パーマリンクhttps://agriknowledge.affrc.go.jp/RN/3030166423
収録データベース研究課題データベース

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