果樹におけるDNAマーカー育種のための高度基盤技術の開発

果樹におけるDNAマーカー育種のための高度基盤技術の開発

課題番号2011017554
研究機関名農業・食品産業技術総合研究機構
研究期間2011-2015
年度2011
研究問題(2)果樹・茶の持続的高品質安定生産技術の開発
大課題果樹におけるDNAマーカー育種のための高度基盤技術の開発
中課題果樹におけるDNAマーカー育種のための高度基盤技術の開発
大項目食料安定供給のための研究開発
中項目(4) 園芸作物の高収益安定生産システムの開発
摘要DNA マーカーを用いてニホンナシやカンキツの高精度遺伝子地図を構築と、それらを活用し、結実性、果実形質、病害抵抗性などと関連するDNAマーカーとその利用技術の開発では、a)ニホンナシマーカー、合計195種類について、ニホンナシ96品種を用いて遺伝子型を決定し、これまでのマーカーを加えて合計785マーカー/ニホンナシ96品種のデータセットを得たことにより、DNAマーカー育種に利用可能なマーカーセットを作成した。b)1チューブ多重ポストラベル法を開発した。本法は、特異性の高いタグ配列をDNAマーカーに付加し、蛍光色素標識した同じタグプライマーを事前に加えてPCRを行うことで増幅産物を蛍光標識する。最大6種類のDNAマーカーを繁雑な作業無しに1チューブ内で個別に標識することが可能で、低コストで省力性が高い。c)カンキツのゲノム配列情報の解析から多型情報を2,000件以上抽出するとともに、かいよう病抵抗性連鎖マーカー開発を目的に抵抗性分離集団の連鎖地図を構築した。d)チュウゴクナシ「紅梨」の後代集団(「紅梨」×「鴨梨」224個体)について遺伝解析を行ない、新規黒星病抵抗性の同定を試みた。チュウゴクナシ「紅梨」の黒星病抵抗性(Vnh)は第7連鎖群の上部末端に座乗し、「巾着」の黒星病抵抗性とは座乗位置が異なることを明らかにした。e)「おさ二十世紀」由来の自家和合性S4Smの同定が可能なDNAマーカーを開発した。f)ジベレリン合成に関与するCuGA20ox1遺伝子が高単為結果性を有するウンシュウミカン、「清見」の子房形成初期において高く発現している傾向を確認した。単為結果性に関わるジベレリン関連遺伝子をマーカー化し、そのうち6座を連鎖地図上に位置づけた。 遺伝子発現情報やゲノム配列との関連づけによる一層の高精度化では、a)ニホンナシ「豊水」の33種類のサンプルから抽出したRNAを用いて、完全長cDNAの5’ESTシーケンスライブラリ、3’ESTシーケンスライブラリ、ショットガンライブラリから、それぞれ約22万リード、約29万リード、約68万リードの遺伝子配列情報を得た。b)クレメンティンの公開ゲノムデータをデータベース化し、任意のゲノム配列を切り出すデータベースと全エクソン配列データベースを作成した。c)カンキツ11品種の全塩基配列解読を開始した。
研究分担(独)農業・食品産業技術総合研究機構,果樹研,品種育成・病害虫
(独)農業・食品産業技術総合研究機構,果樹研,カンキツ
予算区分技会交付金研究 イノベーション創出事業 新たな農林水産政策を推進する実用技術開発事業 委託プロ[新農業展開ゲノムプロ] 委託プロ[気候変動対策プロ] 文科省[科研費] 文科省・JST競争的資金 その他
業績(1)Terpene down-regulation in orange reveals the role of fruit aromas in mediating interactions with insect herbivores and pathogens
(2)The monoterpene limonene in orange peels attracts pests and microorganisms
(3)Characterization of genomic sequence showing strong association with polyembryony among diverse Citrus species and cultivars, and its synteny with Vitis and Populus
(4)ニホンナシにおけるTRIM型レトロトランスポゾン配列の取得と品種識別マーカーへの利用
(5)Complete sequence of the chloroplast genome from pear (Pyrus pyrifolia): genome structure and comparative analysis
(6)Data Mining of Citrus Expression Sequence Data Sets and Application for Functional Genomic Study
(7)果樹類での種判別マーカーの開発
(8)Extensive Chromosome Homoeology among Brassiceae Species Were Revealed by Comparative Genetic Mapping with High-Density EST-Based SNP Markers in Radish (Raphanus sativus L.)
(9)Fluorescent Staining and Fluorescence in situ Hybridization of rDNA of Chromosomes in Pear (Pyrus spp.)
(10)Molecular characterization of novel Ty1-copia-like retrotransposons in pear (Pyrus pyrifolia)
(11)Parthenocarpic genetic resources and gene expression related to parthenocarpy among four species in pear (Pyrus spp. )
(12)Quantitative trait loci (QTL) analysis of carotenoid content in Citrus fruit
(13)A post-PCR labeling method for multiplexed and multicolored genotyping study of SSR, indel and SNP markers in single tube with bar-coded split tag (BStag)
パーマリンクhttps://agriknowledge.affrc.go.jp/RN/3030166806
収録データベース研究課題データベース

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