比較ゲノム解析による遺伝子機能マイニングツールの開発と整備

比較ゲノム解析による遺伝子機能マイニングツールの開発と整備

課題番号2011019076
研究期間2008-2012
年度2011
中課題比較ゲノム解析による遺伝子機能マイニングツールの開発と整備
摘要SALAD データベースVer.3で用いている冗長なモチーフ、約870万のPSSM情報から、冗長性を取り除くアルゴリズムを作成し、モチーフの整理整頓を行い、約53万個のほとんど冗長性のない新しいモチーフセットを作成した。蛋白質配列の比較能力はそん色がない。これで、ユーザーが指定した任意の蛋白質グループをすばやくSALAD解析が可能となる。今後、この新しい機能を搭載した新規データベースの早い公開を目指す。葉緑体の遺伝子発現を制御するPPR遺伝子群に関しては、C4化に伴う変化を示す候補を、この課題で開発したSALAD解析を駆使して、いくつか同定した。
予算区分委託プロ[新農業展開ゲノムプロ]
パーマリンクhttps://agriknowledge.affrc.go.jp/RN/3030176003
収録データベース研究課題データベース

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