イネの生育過程における遺伝子発現アトラス作成

イネの生育過程における遺伝子発現アトラス作成

課題番号2012021749
研究機関名農業生物資源研究所,三菱スペース・ソフトウエア株式会社
研究期間2008-2012
年度2012
中課題イネの生育過程における遺伝子発現アトラス作成
摘要今年は最終年度であることから、本課題においては、これまでに作成した遺伝子発現及び共発現解析データベースの一般公開に向けたデータ整理、新機能(EXP-BLAST、ExProFlip、発現数値閲覧・ダウンロード機能及びシスエレメント解析等)の装備を行なった。また、イネ遺伝子発現データベースRiceXProとイネ共発現解析データベースRiceFRENDの論文化を行ない、NAR(Nucleic Acids Research)に発表した。
遺伝子発現データベースRiceXProに関しては、プロジェクト公開用として、RXP_3003、内部用としてRXP_4002のデータセットを追加した。ユーザインターフェイスとして、検索機能、データ閲覧機能の向上を図った。また、イネゲノムIRGSP1.0のリリースに伴い、4x44Kアレイのプローブ配列をIRGSP1.0ゲノム配列にマッピングし、ゲノムブラウザGBrowseで閲覧できるようにした。 遺伝子共発現データベースRiceFRENDに関して、論文投稿に伴うデータの再計算を実施し、一般公開を行った。データ閲覧機能として、遺伝子ネットワークビューアの機能向上、解析機能の追加を実施した。
予算区分委託プロ[新農業展開ゲノムプロ]
業績(1)RiceFREND: a platform for retrieving coexpressed gene networks in rice
(2)Deciphering and Prediction of Transcriptome Dynamics under Fluctuating Field Conditions
(3)RiceXPro Version 3.0: expanding the informatics resource for rice transcriptome
(4)Inflorescence meristem identity in rice is specified by overlapping functions of three AP1/FUL-like MADS box genes and PAP2, a SEPALLATA MADS box gene
(5)Low-affinity cation transporter (OsLCT1) regulates cadmium transport into rice grains
(6)気象データからイネ葉の全遺伝子の働きを予測するシステムの開発
(7)Global transcriptome profile of rice root in response to essential macronutrient deficiency.
パーマリンクhttps://agriknowledge.affrc.go.jp/RN/3030212763
収録データベース研究課題データベース

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