超高速配列決定時代に対応した情報リソース開発

超高速配列決定時代に対応した情報リソース開発

課題番号2012021753
研究機関名農業生物資源研究所
研究期間2008-2012
年度2012
中課題超高速配列決定時代に対応した情報リソース開発
摘要イネのアノテーション情報をデータ精査によって高度化するとともに、データベースの表示も改善し、NGSデータの表示もスムーズに行えるようにした。自動アノテーションのユーザーインターフェースを新たに作成し、非情報解析系のユーザーでも直感的に分かりやすい形にした。数十〜数百の多数のゲノムを効率よく閲覧できるブラウザーを開発し、内部公開を行った。
予算区分委託プロ[新農業展開ゲノムプロ]
業績(1)Independent Domestication of Asian Rice Followed by Gene Flow from japonica to indica
(2)TriAnnot: A Versatile and High Performance Pipeline for the Automated Annotation of Plant Genomes
(3)Rice Annotation Project Database (RAP-DB): an integrative and interactive database for rice genomics
(4)Improvement of the Oryza sativa Nipponbare reference genome using next generation sequence and optical map data.
パーマリンクhttps://agriknowledge.affrc.go.jp/RN/3030212767
収録データベース研究課題データベース

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