イネ科作物遺伝子解析のための基盤整備

イネ科作物遺伝子解析のための基盤整備

課題番号2012021766
研究機関名農業生物資源研究所,長野県畜産試験場,信州大学
研究期間2008-2012
年度2012
中課題イネ科作物遺伝子解析のための基盤整備
摘要遺伝子型解析について支援するとともに、マーカーを用いてBAC選抜およびサンガー法によるBAC解読支援を行った。さらに、次世代シーケンサー(GAIIx)を用いてミトコンドリアゲノムの配列解析とアセンブルを進めた結果、雄性不稔系統のミトコンドリアに大きな欠失・挿入が予想された。また、雄性不稔系統AMP21と稔性回復系統JN290において、第3染色体の雄性不稔に関与すると予想される領域が対になる組み換え自殖系統を用いて種子稔実率を調査したところ、57.4-66.1Mbの領域にQTLを絞り込んだ。また、国内育成F1品種に由来するF24集団を用いて種子稔実率のラフマッピングを行ったところ、いずれの集団においても緑竜の集団(AMP21 x JN290)と同様に、第5染色体の短腕に大きな作用力の大きなQTLを検出した。この結果、国内の育成品種に利用されている稔性回復遺伝子は第5染色体短腕に座乗するQTL(Rf5?)と予想された。最後に、QT5505の課題で作出されているおよそ700系統の有用突然変異体における表現型情報と写真を整理したwebデータベースの構築を進めた。
複数の候補遺伝子領域においてDNAマーカーを用いたPCRスクリーニングによるBAC選抜を実施し、選抜されたBACの塩基配列の解読支援を行った。また雄性不稔に関するミトコンドリアゲノム上の変異を明らかにするために、次世代シーケンサーであるGAIIxでミトコンドリアゲノム延期配列の解読及びアセンブルの支援を行った。
今年度、マッピング支援を行ったQTL5502「病害抵抗性に関与する遺伝子の解明」課題における材料育成を行うと同時に、稔性回復遺伝子の探索のための親系統の種子の提供など材料提供を行った。
稔性回復遺伝子の精密マッピングのため、協力者とともに「緑竜」のF4個体を用い、 Chr3.SB2006-SB2056間の組み替え自殖系統、2系統355個体をほ場に展開した。 袋掛けによる自殖を行い、稈長、稈径、穂長、稔実率、種子重など表現形質の調査を 行った。
予算区分委託プロ[新農業展開ゲノムプロ]
業績(1)Quantitative trait locus analysis for days-to-heading and morphological traits in an RIL population derived from an extremely late flowering F1 hybrid of sorghum
(2)Quantitative trait locus analysis for days-to-heading and morphological traits in an RIL population derived from an extremely late flowering F1 hybrid of sorghum
パーマリンクhttps://agriknowledge.affrc.go.jp/RN/3030212780
収録データベース研究課題データベース

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