イネ科ゲノム情報を用いたコムギ高密度遺伝地図作製のための基盤整備

イネ科ゲノム情報を用いたコムギ高密度遺伝地図作製のための基盤整備

課題番号2012021780
研究機関名農業生物資源研究所,農業・食品産業技術総合研究機構東北農業研究センター,日本製粉(株)
研究期間2011-2012
年度2012
中課題イネ科ゲノム情報を用いたコムギ高密度遺伝地図作製のための基盤整備
摘要BinマップされたPLUGマーカーの判定を行い、1128個の遺伝子(染色体当たり平均54個程度)からなる物理地図を作製した。それにより染色体ある程度のインターバル(物理距離)で座乗すると考えられる遺伝子情報を得た。また、次世代シークエンサーデータから目的配列を含むreadを広いアッセンブルする半自動ソフトを用い、同祖遺伝子間の帰属ゲノム判定が可能なことを確認した。
前年度に座乗染色体を決定したPLUGマーカーにつき、Chinese Springに由来する217種類の染色体欠失系統を用いてマッピングをおこなった。その結果、1,128個のマーカーの座乗染色体上の位置を決定した(当初目標1,000個)。各染色体上にマッピングされたマーカーの平均数は約54個、染色体毎のマーカー数は、最高は5A及び2Bの68個、最低は3D及び4Bの41個であった。
予算区分委託プロ[新農業展開ゲノムプロ]
パーマリンクhttps://agriknowledge.affrc.go.jp/RN/3030212794
収録データベース研究課題データベース

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