(イ)ゲノム情報を活用した研究開発の高度化

(イ)ゲノム情報を活用した研究開発の高度化

課題番号2014025693
研究機関名水産総合研究センター
研究期間2011-2015
年度2014
研究問題(2)研究開発等の重点的推進
大課題オ.基盤となるモニタリング及び基礎的・先導的研究開発
中課題(イ)ゲノム情報を活用した研究開発の高度化
大項目第2 国民に対して提供するサービスその他の業務の質の向上に関する目標を達成するためとるべき措置
中項目1 研究開発等
摘要(イ)クロマグロ、マダラ等の遺伝子発現プロファイルを作製した結果、クロマグロの普通筋はマダラに比べて解糖系の遺伝子を高度に発現させていることを明らかにした。ニホンウナギのゲノムDNA 塩基配列分析から、マイクロサテライトDNA 等の多型マーカー候補を開発するとともに染色体解析を行った。タイラギ2種についてゲノム解読を行った。半数体を利用した効率的なゲノム解読技術を開発してブリのゲノムを解読するなど、水産重要種のゲノム解析の効率化や高精度化に資する技術開発を進展させた。さらに、マイワシ、大西洋クロマグロ、サワラ等から把握した集団の遺伝子多型パターンを基に、繁殖生態と個体群動態の特性を推定するとともに、実データに適合する個体群動態モデルを推定した。このほか、マガキのグリコーゲン蓄積に関わる候補遺伝子の絞り込み、遺伝子情報を活用したヒラメラブドウィルス病のワクチン開発、貝毒プランクトンのDNA マーカーの開発等を行った。海洋微生物等のメタゲノム解析手法(環境中の微生物群集を培養に依存することなく網羅的に解析する技術)の開発では、複数の海域から採集した計174 サンプルのDNAデータを収集した。有害赤潮生物であるシャットネラや麻痺性貝毒原因種であるアレキサンドリウム・タマランセの大量発生のマーカープランクトンを3 種類抽出するとともに、殺藻細菌の殺藻機能に関与する遺伝子候補を提示した。さらに、メタゲノム解析手法の生態系多様性評価への適用、沖縄県石西礁湖周辺海域の陸源負荷の影響評価への導入等を行い、漁場環境や生態系評価におけるメタゲノム解析技術の利用可能性を拡大した。クロマグロ及びニホンウナギに加え、ブリ、マダラ、タイラガイ、マガキなど、年度計画以上に研究対象を拡大し、遺伝子機能の理解を進めるとともに、水産資源や増養殖分野への活用を目指した研究が大きく進んだ。また、メタゲノム解析手法の開発では、計画していた赤潮や魚病予測に止まらず、生態系の多様性評価や沿岸域の汚染源推定等に利用分野を拡大した。本研究課題の成果は、クロマグロ、ニホンウナギ等の安定的な種苗生産、育種(優良系統の作出)、漁場環境管理等の養殖技術や沿岸漁場環境の評価技術等の高度化への貢献が期待される。
研究分担乙竹充
桑田晃
藤原篤志
長井敏
斉藤憲治
長井敏
中村洋路
乙竹充
坂見知子
及川寛
河東康彦
平井惇也
馬久地みゆき
坂本節子
協力分担関係国立遺伝学研究所
予算区分委託プロ・生産現場[養殖・漁業生産技術] 文科省・JST競争的資金
業績(1)仙台湾におけるセイシュの特性および発生機構に関する研究
(2)アンサンブルシミュレーションを用いた仙台湾におけるアカガイ幼生の着底成功率の推定
(3)DNA分析により明らかになったタラバガニの鰓から出現した異物の正体
(4)Distribution of the phytoplankton community in the southwestern Okhotsk Sea during the summer
(5)RAD-Seq法のニホンウナギ集団多型解析への利用
(6)魚病細菌Edwardsiella tardaマダイ由来非定型株のゲノム解析
(7)岡山県現寺湾のアマモ場と周辺海域におけるシャットネラ殺藻細菌Alteromonas sp. D、 S株の分布
(8)大阪湾における麻痺性貝毒による二枚貝化と海水毒量のモニタリング
(9) 赤潮発生域における漁場環境評価技術の開発
(10)Genetic structure and cryptic speciation in the threatened reef-building coral Heliopora coerulea along Kuroshio current.
(11)Spatial Segregation and Aggregation of Ectomycorrhizal and Root-Endophytic Fungi in the Seedlings of Two Quercus Species
(12)Genetic connectivity of the coral-eating sea star Acanthaster planci during the severe outbreak of 2006-2009 in the society islands,  French Polynesia. 
(13)サンゴ礁無脊椎動物における集団遺伝解析による種分化および幼生分散の推定 Normal 0 0 2 false false false EN-US JA X-NONE
(14)魚病細菌のゲノム解析
(15)海水試料の毒量測定による麻痺性貝毒モニタリングの検討
(16)Poisson vs Pareto 型繁殖: DNA 多型情報に基づく加入過程の推測
(17)A-lineにおけるピコ植物プランクトンの群集構造と生理生態
(18)A-lineにおけるピコ植物プランクトン群集構造の季節変動と経年変動および今後の展望
(19)魚類のde novo アセンブリにおける半数体ゲノムの有用性の検証
(20) 赤潮発生に関与する微生物の定量的分子モニタリング技術の開発
(21) 殺藻細菌等を利用した赤潮抑制技術の開発
(22)マガキのグリコーゲン蓄積性に関与する遺伝子の解明
(23)Complete Genome Sequence of the Edwardsiella ictaluri-Specific Bacteriophage PEi21, Isolated from River Water in Japan
(24)Size-fractionated primary production in the Kuroshio Extension and adjacent regions in spring
(25)水産分野のゲノム解析について
(26)Easy detection of multiple HAB species by nucleic acid chromatography
(27)親潮域・黒潮親潮移行域における植物プランクトン群集の基礎生産と群集構造
(28)次世代シーケンサーを用いたマガキグリコーゲン蓄積に関与する遺伝子の網羅的探索
(29)
(30) Isolation and characterization of novel microsatellite markers for Cymodocea serrulata (Cymodoceaceae), a seagrass distributed widely in the Indo‐Pacific region. 
(31)Diet disparity among sympatric herbivorous cichlids in the same ecomorphs in Lake Tanganyika: amplicon pyrosequences on algal farms and stomach contents
(32)パレート系統樹を有する海産魚介類集団のダイナミクス
(33)水産分野におけるメタゲノム研究の現状と将来展望
(34)全球スケールの分子系統地理による浮遊性カイアシ類Pleuromamma abdominalisの遺伝的多様性の解明
(35)病原性の異なるS. dysgalactiaeの比較ゲノム解析
(36)トラフグ優良品種作出に向けたがん関連遺伝子検査法の開発
(37) 微生物相塩基配列の収集および赤潮等の発生予測手法の開発
(38) 海水中の毒量分析による貝毒予測手法の開発
(39)Dopamine Receptor Genes and Evolutionary Differentiation in the Domestication of Fighting Cocks and Long-Crowing Chickens.
(40)Reproductive physiology of the mummichog Fundulus heteroclitus - an excellent experimental fish
(41)仙台湾におけるセイシュの特性および発生機構に関する研究
(42)Cysteine dioxygenase and cysteine sulfinate decarboxylase genes of the deep-sea mussel Bathymodiolus septemdierum: possible involvement in hypotaurine synthesis and adaptation to hydrogen sulfide
(43)Development of ten microsatellite markers for Alexandrium ostenfeldii, a bloom forming dinoflagellate producing diverse phycotoxins
(44)マミチョグFundulus heteroclitus GTHR免疫陽性細胞の発生及び雌の生殖年周期に伴う変化
(45)A ddRAD-based genetic map and its integration with the genome assembly of Japanese eel (Anguilla japonica) provides insights into genome evolution after the teleost-specific genome duplication
(46)Distribution of ammonia-oxidizing archaea and bacteria in coastal sediments of the Sendai Bay in Japan
(47)Plankton metagenomics in Okhotsk Sea
(48)Edwardsiella溶菌バクテリオファージ株PEi20およびPEi26の全ゲノム配列解析
(49)次世代シークエンサーを用いたアサリのミトコンドリアDNA解析
(50)Expression and localization of gonadotropic hormone subunits (Gpa, Fshb, and Lhb) in the pituitary during gonadal differentiation in medaka
(51)The first record of a cupped oyster species Crassostrea dianbaiensis in the waters of Japan.
(52)Phylogeny and polyploidy: resolving the classification of cyprinine fishes (Teleostei: Cypriniformes)
(53)太平洋熱帯・亜熱帯における浮遊性カイアシ類Pleuromamma abdominalisの分子系統地理
(54)仙台湾におけるセイシュの特性について
(55)八代海の夏期プランクトン相の変動とその要因
(56)A-lineにおける珪藻類の群集構造の季節変動および経年変動
(57)
(58)農林水産技術会議委託プロジェクト研究平成25年度「海洋微生物解析による沿岸漁業被害の予測・抑制技術の開発」実施報告書
(59)Detection of the horizontal spatial structure of soil fungal communities in a natural forest
(60)Palpitomonas bilix represents a basal cryptist lineage: insight into the character evolution in Cryptista
(61)Uncertainty in a measurement of density dependence on population fluctuations.
(62)Temperature and income resource availability mediated variation in reproductive investment in a multiple-batch-spawning Japanese anchovy
(63)Complete genome sequence analysis of two Pseudomonas plecoglossicida phages, potential therapeutic agents
(64)メタゲノミクスによるプランクトンモニタリングの実践(植物プランクトンを中心に)
(65)新規Edwardsiella tarda溶菌バクテリオファージ株FW-3の全ゲノム配列解析
(66)Population genetic studies of worldwide populations in the toxic dinoflagellate Alexandrium catenella (Dinophyceae) by use of haplotype and microsatellite markers
(67)
(68) 赤潮原因種等プランクトンのメタゲノム解析技術の開発
(69) メタゲノムデータを用いた魚病発生状況の分析
(70)仙台湾におけるセイシュの特性について
パーマリンクhttps://agriknowledge.affrc.go.jp/RN/3030217045
収録データベース研究課題データベース

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